세금 · 행정
A 주식회사가 신탁회사들과 관리형 토지신탁계약을 맺고 오피스텔 및 아파트 분양 사업을 진행하며 위탁자가 부가가치세 납세의무자임을 전제로 세금을 신고·납부했습니다. 그러나 대법원 전원합의체 판결로 신탁재산 처분 시 납세의무자가 수탁자라는 법리가 확립되자, A 주식회사는 기존에 납부한 부가가치세 환급을 경정청구했습니다. 서초세무서장은 매출세액은 감액하고 관련 매입세액은 불공제하여 일부 환급했으나, A 주식회사는 불공제된 매입세액에 대한 추가 환급을 요구하며 소송을 제기했습니다. 법원은 위탁자인 원고가 매입세액 공제 대상이 아니라고 판단하여 항소를 기각했습니다.
A 주식회사는 2014년부터 2016년까지 5개 신탁회사와 관리형 토지신탁계약을 맺고 오피스텔 및 아파트 분양 사업을 진행했습니다. 원고는 2016년 2기 부가가치세를 위탁자인 자신이 납세의무자임을 전제로 신고·납부했습니다. 그러나 2017년 5월 18일 대법원 전원합의체 판결이 신탁재산 처분 시 부가가치세 납세의무자는 수탁자라고 판시하자, 원고는 2022년 1월 17일 2016년 2기 부가가치세와 관련하여 8,311,913,878원의 환급을 경정청구했습니다. 피고 서초세무서장은 2022년 5월 16일 원고의 경정청구를 거부했습니다. 이에 원고는 2022년 8월 8일 조세심판을 청구했고, 조세심판원은 2022년 11월 17일 신탁재산 처분 시 매출세액은 감액하고 관련 매입세액은 불공제하는 것으로 결정했습니다. 이에 따라 피고는 원고에게 환급금 2,979,516,120원 및 환급가산금 287,157,890원을 합계 3,266,674,010원 환급했습니다. 원고는 피고가 환급한 금원을 초과한 나머지 불공제된 매입세액 부분에 대해 추가 환급을 주장하며 이 사건 거부처분 취소소송을 제기했습니다.
신탁사업 부가가치세 납세의무자와 매입세액 공제 주체는 누구인지, 즉 신탁재산 처분 시 부가가치세 납세의무자가 수탁자임이 대법원 판례로 확정된 상황에서 신탁사업 관련 매입세액을 공제받을 수 있는 주체가 위탁자인 원고인지 수탁자인 신탁회사들인지 여부가 주요 쟁점입니다. 또한 원고가 매출세액 환급을 중심으로 경정청구를 했을 때 조세심판원이 매출세액과 별개로 매입세액 공제 여부까지 판단한 것이 적법한지, 그리고 기존 대법원 판례 및 과세관청의 유권해석을 신뢰한 납세자에게 이후 변경된 법리를 근거로 매입세액을 불공제하는 것이 신뢰보호의 원칙에 반하는지 여부도 핵심 쟁점이었습니다.
원고의 항소를 기각한다. 항소비용은 원고가 부담한다.
법원은 신탁재산의 관리·처분에 관한 부가가치세법상 사업자 및 납세의무자는 수탁자이며, 부가가치세 전단계세액공제 제도의 본질상 매출세액 납세의무자와 매입세액 공제 주체가 분리될 수 없으므로, 위탁자인 원고는 매입세액 공제 대상이 아니라고 판단했습니다. 또한 조세심판의 심리 방식은 총액주의에 따르므로, 매출세액 경정 과정에서 매입세액 공제 여부를 판단한 것이 적법하다고 보았습니다. 마지막으로 기존 대법원 판례나 과세관청 유권해석은 신뢰보호의 공적 견해 표명으로 보기 어렵고 설령 그렇다 하더라도 법리 변경으로 그 신뢰 대상이 소멸했다고 보아 원고의 신뢰보호 원칙 주장을 배척하며 원고의 항소를 모두 기각했습니다.
이 사건은 주로 부가가치세 납세의무자와 매입세액 공제 주체에 대한 구 부가가치세법의 해석과 국세기본법상의 조세심판 심리 범위, 그리고 신뢰보호의 원칙 적용 여부가 쟁점이 되었습니다. 먼저 구 부가가치세법 제3조 제1호, 제37조 제2항, 제38조 제1항은 부가가치세 납세의무자를 '사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자'로 규정하고 납부세액은 매출세액에서 '사업자가 자기 사업을 위하여 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액'인 매입세액을 공제한 금액으로 정합니다. 대법원 전원합의체 판결은 신탁재산 처분 시 수탁자를 납세의무자로 보았고, 법원은 이 전단계세액공제 제도의 본질상 납세의무자와 매입세액 공제 주체를 분리할 수 없다고 판단하여 위탁자인 원고의 매입세액 공제를 인정하지 않았습니다. 다음으로 구 국세기본법 제79조 제1항에 따른 조세심판의 심리 방식은 과세처분 자체의 적법성을 총체적으로 심리하는 '총액주의'를 따릅니다. 따라서 매출세액 환급 청구 시 매입세액 공제 여부까지 함께 판단한 조세심판원의 결정은 적법하다고 보았습니다. 마지막으로 신뢰보호의 원칙은 과세관청의 공적 견해 표명이 있었고 이를 신뢰한 납세자에게 귀책사유가 없으며 그 신뢰에 따라 행위했으나 과세관청이 반하는 처분으로 이익이 침해된 경우 적용됩니다. 그러나 법원은 이 사건에서 기존 대법원 판례나 과세관청 유권해석을 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 공적 견해 표명으로 보기 어렵고, 설령 그렇다 하더라도 대법원 전원합의체 판결과 법령 개정으로 법리가 변경되어 그 신뢰 대상이 소멸했으므로 신뢰보호 원칙 적용이 어렵다고 판단했습니다. 추가적으로 부가가치세법 제32조 제7항에 따라 세금계산서 기재 착오 시 수정세금계산서 발급이 가능하며, 부가가치세법 제39조 제1항 제4호에 따라 '사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액'은 불공제 대상이 될 수 있습니다.
신탁계약에 따른 부동산 분양 사업의 경우, 2017년 5월 18일 선고된 대법원 2012두22485 전원합의체 판결에 따라 신탁재산의 처분 시 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 수탁자이므로, 신탁사업 관련 매입세액 공제 주체도 수탁자라는 점을 명확히 인지하고 세금을 신고해야 합니다. 사업을 진행하는 동안 납세의무자에 대한 대법원 판례나 관련 법령이 변경될 수 있으므로, 세금 신고 전 최신 법리와 유권해석을 반드시 확인해야 합니다. 세금계산서 발급 시 공급받는 자가 잘못 기재된 경우 부가가치세법 제32조 제7항에 따라 수정세금계산서 발급이 가능하므로, 이를 통해 정정하여 매입세액 공제를 받을 수 있는지 검토해야 합니다. 조세심판이나 행정소송에서 부가가치세 과세처분에 대한 심리는 총액주의에 따르므로, 특정 쟁점인 매출세액에 대한 청구가 다른 쟁점인 매입세액의 판단으로 이어질 수 있음을 염두에 두어야 합니다. 또한 과세관청의 과거 유권해석이나 예규는 대법원 판례 변경 및 법령 개정으로 인해 효력이 상실될 수 있으므로, 이에 대한 맹목적인 신뢰는 주의해야 합니다. 특히 공적 견해 표명은 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 하며, 법리 변경 시 신뢰보호 원칙 적용이 어려울 수 있습니다. 마지막으로 부과제척기간 만료로 인해 수탁자가 매입세액 공제를 받지 못하는 상황이 발생할 수도 있음을 고려하여 신탁계약 단계에서 부가가치세 납세의무와 관련한 충분한 대비와 계약 조항 마련이 필요합니다.
