부동산 신탁사업에서 위탁자의 매입세액 공제 다툼 사건

A 주식회사는 건설업 및 부동산 관련 사업을 영위하는 법인으로, 2014년부터 2016년까지 여러 신탁회사와 관리형 토지신탁계약을 체결하여 오피스텔 및 아파트 신축 분양 사업을 진행했습니다. 초기에는 위탁자인 A 주식회사를 부가가치세 납세의무자로 보고 2016년 2기분 부가가치세 약 27억 원을 신고 및 납부했으나, 2017년 대법원 전원합의체 판결에서 신탁재산 처분 시 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 수탁자라는 법리가 확립되자, A 주식회사는 이를 근거로 2022년에 약 83억 원의 부가가치세 환급을 청구했습니다. 서초세무서장은 이 환급 청구를 거부했고, 조세심판원에서는 매출세액은 감액하되 관련 매입세액은 불공제하는 것으로 결정하여 약 29억 원을 환급했습니다. 이에 A 주식회사는 잔여 환급 거부처분이 부당하다고 주장하며 소송을 제기했으나, 법원은 A 주식회사의 항소를 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고(항소인): A 주식회사 (건설업, 부동산매매 및 임대업 법인, 신탁사업의 위탁자)
• 피고(피항소인): 서초세무서장 (환급 청구를 거부하고 부가가치세 부과처분을 한 세무당국)
• 관련 회사들: 주식회사 B 외 4개 신탁회사 (A 주식회사와 관리형 토지신탁계약을 체결한 수탁자들)

분쟁 상황

A 주식회사는 신탁사업 관련 부가가치세 납세의무자를 위탁자 본인으로 알고 2016년 2기 부가가치세를 신고·납부했습니다. 그러나 2017년 대법원 판례 변경으로 신탁재산 처분 시 납세의무자가 수탁자로 바뀌자, A 주식회사는 자신이 납세의무자가 아니었으므로 납부한 부가가치세 전액을 환급해 달라고 세무서에 경정청구를 했습니다. 서초세무서장은 납세의무자가 위탁자가 아니라는 점은 인정했으나, 그에 따라 위탁자가 공제받았던 매입세액 역시 불공제되어야 한다고 보아 A 주식회사가 요청한 환급액의 일부만을 환급했습니다. 이에 A 주식회사는 매입세액 공제는 여전히 위탁자가 받아야 한다는 입장에서, 세무서의 거부처분 취소를 구하며 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

신탁재산의 처분과 관련하여 부가가치세 납세의무자가 수탁자로 변경된 상황에서, 위탁자가 지급한 매입세액을 공제받을 수 있는지 여부가 주요 쟁점이 되었습니다. 또한, 조세심판원의 심판 범위가 쟁점주의인지 총액주의인지, 그리고 기존의 유권해석을 신뢰하여 세금을 신고한 위탁자에게 신뢰보호의 원칙이 적용될 수 있는지 여부도 다투어졌습니다.

법원의 판단

법원은 원고인 A 주식회사의 항소를 기각하고 제1심 판결을 유지했습니다. 법원은 부가가치세 납세의무자와 매입세액 공제 주체는 분리될 수 없으며, 신탁재산을 관리·처분하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 사업자는 수탁자이므로, 매입세액 공제 역시 수탁자가 받아야 한다고 판단했습니다. 조세심판의 심리 방식에 대해서는 쟁점주의가 아닌 총액주의가 적용된다고 보아, 매출세액 감액 과정에서 매입세액 불공제를 함께 결정한 조세심판원의 판단이 적법하다고 보았습니다. 또한, 기존 판례나 유권해석을 신뢰했다는 원고의 주장에 대해서는 대법원 판례는 과세관청의 공적 견해 표명이 아니며, 유권해석 또한 신탁 관련 매입세액 공제 주체를 명확히 다룬 것이 아니어서 신뢰보호의 원칙을 적용할 대상이 아니라고 판단했습니다. 설령 신뢰의 대상이 되는 공적 견해 표명으로 보더라도, 이후 대법원 전원합의체 판결과 법령 개정으로 인해 그 기초가 되는 사정이 변경되었으므로 신뢰보호의 원칙을 적용하기 어렵다고 결론 내렸습니다.

결론

재판부는 신탁재산의 부가가치세 납세의무자가 수탁자인 이상, 매입세액 공제 역시 수탁자가 받아야 한다는 원칙을 재확인하고, 신뢰보호의 원칙이 이 사건에는 적용되지 않는다고 보아 원고의 청구를 받아들이지 않았습니다. 따라서 A 주식회사는 기존에 납부했던 부가가치세 중 추가 환급을 받지 못하게 되었고, 항소비용 전액을 부담하게 되었습니다.

연관 법령 및 법리

이 사건은 부가가치세법상 '사업자'와 '납세의무자'의 정의, '매입세액 공제' 요건에 대한 법리가 핵심입니다. 구 부가가치세법 제3조 제1호는 '사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자'를 사업자이자 납세의무자로 규정하고, 제38조 제1항 제1호는 '사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액'을 매입세액 공제 대상으로 정하고 있습니다. 전단계세액공제 제도의 본질상 매출세액 납부의무자와 매입세액 공제 주체는 원칙적으로 일치해야 한다는 법리가 적용되었습니다. 구 국세기본법 제79조 제1항은 조세심판의 심리 범위와 관련하여 소송물은 과세표준과 세액 전체이므로 '총액주의'가 적용된다고 보았습니다. 또한, 행정법의 일반 원칙인 '신뢰보호의 원칙'은 과세관청의 공적 견해 표명, 납세자의 정당한 신뢰, 신뢰에 따른 행위, 신뢰에 반하는 처분으로 인한 이익 침해 등의 요건이 충족될 때 예외적으로 적용될 수 있으나, 이 사건에서는 기존 대법원 판례나 유권해석이 신뢰보호의 요건을 충족하지 못한다고 판단되었습니다.

참고 사항

부동산 신탁사업에서 부가가치세 납세의무자가 누구인지는 신탁계약의 종류와 대법원 판례, 법령 개정 등 다양한 요소에 따라 달라질 수 있으므로, 관련 세금 신고 시에는 최신 법리와 유권해석을 반드시 확인해야 합니다. 특히, 대법원 전원합의체 판결과 같이 중요한 법리 변경이 있는 경우에는 과거의 과세 관행이나 유권해석이 더 이상 유효하지 않을 수 있습니다. 신탁계약 당사자는 부가가치세 납세의무와 매입세액 공제 주체를 명확히 인지하고, 세금계산서 발급 및 수취를 적절한 주체 명의로 처리해야 불이익을 방지할 수 있습니다. 위탁자든 수탁자든 관계없이 사업자 등록과 세금계산서 발행 주체에 대한 정확한 이해가 중요합니다. 세금 신고를 한 시점 이후에 법리나 법령이 변경되어 세금 처리 방식이 달라질 수 있음을 염두에 두어야 합니다.