공공기관 기술 출자 수익금 보상금 지급 갈등

공공연구기관인 피고는 D 주식회사에 보유 기술 특허권을 현물 출자하여 연구소기업을 설립했습니다. 이후 D 주식회사는 코스닥에 상장되었고, 피고는 D 주식 매각 및 배당금으로 상당한 수익을 얻었습니다. 원고 A와 B는 이 기술의 사업화에 기여한 인력으로, 피고로부터 1차 및 2차 수익금에 대한 보상금을 지급받았습니다. 그러나 원고들은 2018년 개정된 '연구개발특구의 육성에 관한 특별법'에 따라 사업화 기여자에 대한 보상금 지급 비율이 최소 10% 이상으로 상향되었으므로, 2차 수익금에 대해서는 개정 법률을 적용하여 더 많은 보상금을 지급해야 한다고 주장하며 소송을 제기했습니다. 하지만 법원은 개정 법률의 부칙 조항에 따라 '이 법 시행 후 최초로 수익금이 발생한 경우부터' 개정 법률이 적용된다고 보았습니다. 피고는 이미 개정 법률 시행 전인 2015년에 1차 수익금이 발생하여 배분했으므로, 2차 수익금은 '최초'의 수익금에 해당하지 않아 개정 법률이 적용되지 않는다고 판단했습니다. 결과적으로 법원은 원고들의 청구를 모두 기각했습니다.

관련 당사자

• 원고 A: 피고 소속의 책임행정기술원으로, 피고의 기술 특허 사업화에 기여했다고 주장하며 추가 보상금을 요구했습니다.
• 원고 B: 피고 소속의 책임행정원으로 근무하다 퇴직한 사람으로, 피고의 기술 특허 사업화에 기여했다고 주장하며 추가 보상금을 요구했습니다.
• 피고 C기관: 원자력 연구·개발을 수행하는 과학기술분야 정부출연연구기관(공공연구기관)으로, D 주식회사를 설립하고 기술 출자 수익금을 원고들에게 보상금으로 지급했습니다.
• D 주식회사: 피고 C기관이 보유 기술 특허를 현물 출자하여 설립한 연구소기업으로, 이후 코스닥에 상장되어 피고에게 큰 수익을 안겨주었습니다.

분쟁 상황

피고 C기관은 2004년 D 주식회사를 설립하며 보유 특허 4건을 현물 출자했습니다. D 주식회사는 2015년에 코스닥에 상장되었고, 피고는 D 주식 매각과 배당금으로 막대한 수익을 얻었습니다. 피고는 2015년 발생한 1차 수익금(기술 출자 수익금 32,984,743,002원) 중 약 0.15%에 해당하는 4,980만 원을 사업화 기여 인력(원고 A, B, F)에 대한 보상금 총액으로 정하여, 원고 A에게 1,580만 원, 원고 B에게 1,430만 원을 지급하려 했습니다. 그러나 원고들은 보상금 산정 비율에 이의를 제기하며 수령을 거절했습니다. 이후 피고는 2020년 발생한 2차 수익금(기술 출자 수익금 68,303,232,853원) 중 0.15%에 해당하는 1억 245만 4,849원을 사업화 기여 인력 보상금 총액으로 정하여 원고 A에게 3,254만 9,906원, 원고 B에게 2,941만 4,787원을 지급했고, 원고들은 이를 수령했습니다. 하지만 원고들은 2018년 10월 18일 시행된 개정 '연구개발특구의 육성에 관한 특별법'에 따르면 사업화 기여자에 대한 보상금은 수익금의 최소 10% 이상이어야 한다고 주장하며, 2차 수익금에 대해 개정 법률을 적용하여 추가 보상금을 지급할 것을 요구하며 소송을 제기했습니다. 원고 A는 2,137,443,801원, 원고 B는 1,931,571,028원 및 지연손해금의 지급을 청구했습니다.

핵심 쟁점

개정된 '연구개발특구의 육성에 관한 특별법' 및 그 부칙 조항의 해석이 핵심 쟁점입니다. 특히, '이 법 시행 후 최초로 수익금 등이 발생한 경우부터'라는 문구가 '개정 법률 시행 후 처음 발생하는 모든 수익금'을 의미하는지, 아니면 '개정 법률 시행 이전에 이미 수익금이 발생한 적이 없는 경우의 첫 수익금'을 의미하는지에 대한 해석이 중요했습니다. 또한, 사업화 기여자에 대한 보상금 지급 비율 '10% 이상을 사용할 수 있다'는 조항이 강제적인 의무인지 아니면 재량적인 규정인지도 주요 쟁점이었습니다.

법원의 판단

법원은 원고 A와 B의 청구를 모두 기각하고, 소송비용은 원고들이 부담하도록 판결했습니다.

결론

법원은 '연구개발특구의 육성에 관한 특별법'의 개정 부칙 조항에 명시된 '이 법 시행 후 최초로 수익금 등이 발생한 경우부터'라는 문언을 엄격하게 해석했습니다. 피고 기관은 이미 개정 법률 시행일(2018년 10월 18일) 이전에 1차 수익금을 발생시켜 배분했으므로, 그 이후에 발생한 2차 수익금은 '최초'의 수익금으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 따라서 2차 수익금의 배분에 대해서는 개정 법률이 아닌 구 법령과 피고의 내부 규정이 적용되어야 한다고 보았습니다. 또한, 기술 출자의 원인 행위와 원고들의 사업화 기여가 개정 법률 시행 훨씬 이전에 이루어졌다는 점, 그리고 관련 법령의 적용례가 계약 체결 시점을 기준으로 하는 유사 법령들의 사례 등을 고려할 때, 개정 법률을 소급 적용하는 것은 타당하지 않다고 보았습니다. 나아가, 설령 개정 법률이 적용된다고 하더라도 '10% 이상을 사용할 수 있다'는 조항은 의무가 아닌 재량적인 규정으로 해석될 여지가 있다고 덧붙였습니다.

연관 법령 및 법리

본 사건은 '연구개발특구의 육성에 관한 특별법'(이하 '연구개발특구법') 및 그 시행령의 개정 전후 규정과 부칙 조항의 해석이 주요 쟁점이 되었습니다.

1. 개정 전 연구개발특구법령 (2018년 10월 18일 시행 전)​

• 구 연구개발특구법 제9조의3 제5항: 연구소기업 설립 공공연구기관은 수익금 등을 연구개발 활동, 재출자 등 대통령령으로 정하는 용도로 사용해야 한다고 규정했습니다.
• 구 연구개발특구법 시행령 제14조 제1항 제4호, 제2항: 수익금 등을 '기술개발 및 사업화에 기여한 인력 및 부서'에 대한 보상금 용도로 우선 사용하도록 하였으며, '기술개발에 참여한 인력'에 대해서는 수익금 등의 50% 이상을 사용할 수 있다고 규정했지만, '사업화에 기여한 인력 또는 부서'에 대한 보상금 비율은 별도로 정하지 않았습니다.

2. 개정 후 연구개발특구법령 (2018년 10월 18일 시행)​

• 개정 연구개발특구법 제9조의3 제4항: 구 법령과 동일하게 수익금 등을 '기술개발 및 사업화에 기여한 인력 및 부서'에 대한 보상금 용도에 우선 사용하도록 하였습니다.
• 개정 연구개발특구법 제9조의3 제5항, 제6항: '기술개발에 기여한 인력 및 부서'에 대한 보상금은 수익금 등의 50% 이상을 사용할 수 있고, '사업화에 기여한 인력 및 부서'에 대한 보상금은 10% 이상을 사용할 수 있다고 명시하여 비율을 신설했습니다.
• 개정 연구개발특구법 시행령 제14조 제1항 제2호, 제2항: 공공연구기관의 장이 수익금 등의 발생 규모를 고려하여 '사업화에 기여한 인력 및 부서'에 대한 보상금으로 10% 이상 50% 미만을 지급하되, 내부 기준을 마련할 수 있다고 규정했습니다.

3. 부칙 조항의 해석 (법령 적용 시점)​

• 연구개발특구법 부칙 제2조: "제9조의3의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 수익금 등이 발생한 경우부터 적용한다."고 명시했습니다.
• 법원은 이 부칙 조항의 '최초로'라는 문언을 '가장 처음'이라는 사전적 의미로 엄격하게 해석하여, 개정 법률 시행일(2018. 10. 18.) 이후에 처음으로 수익금이 발생한 경우에만 개정 법률이 적용된다고 판단했습니다.
• 피고는 이미 개정 법률 시행 이전에 1차 수익금이 발생하여 배분했으므로, 2차 수익금은 '최초'의 수익금에 해당하지 않아 구 법령이 적용된다고 보았습니다.

4. 재량 규정 해석

• 법원은 개정 연구개발특구법 제9조의3 제5항이 '10% 이상을 사용할 수 있다'고 규정한 점을 들어, 이는 강행적 의무가 아닌 재량적 규정으로 해석될 여지가 있다고 보았습니다.
• 비록 시행령에서는 '지급한다'고 되어 있으나, 사업화 기여 인력의 범위 및 기여도 측정의 어려움, 기관 자율성 등을 고려할 때, 이를 '반드시 지급해야 한다'는 의무 규정으로만 해석하기는 어렵다고 판단했습니다.

5. 유사 법령의 적용례 및 법률관계의 안정성

• 법원은 구 기술의 이전 및 사업화 촉진에 관한 법률, 구 과학기술기본법, 국가연구개발혁신법 등 다른 유사 법령들이 수익금 또는 기술료 배분에 대한 신·구법 적용례를 '계약 체결 시점'을 기준으로 정하고 있음을 지적했습니다.
• 이 사건의 기술 출자는 개정 법률 시행 전인 2004년에 이루어졌고, 원고들의 사업화 기여도 당시 또는 1차 수익금 발생 당시에 이미 종료된 것으로 보아, 이미 형성된 법률관계에 개정 법률을 소급 적용하는 것은 부당하다고 판단했습니다.

참고 사항

법률이 개정될 경우, 새로운 법률의 적용 시점에 관한 부칙 조항을 반드시 확인해야 합니다. 특히 '최초'라는 문언이 사용될 경우, 법률 시행일 이후에 발생하는 첫 번째 사건만을 의미할 수 있으므로, 과거에 유사한 사건이 있었는지를 면밀히 검토해야 합니다. 기술 출자나 사업화와 같이 장기간에 걸쳐 수익이 발생하는 경우, 수익 발생의 원인이 되는 최초 행위의 시점이 법률 적용에 중요한 기준이 될 수 있습니다. 법률 조항에서 '할 수 있다'와 같이 재량권을 부여하는 표현은 '하여야 한다'와 같은 의무 조항과 명확히 구분되므로, 법률 해석 시 이러한 문구의 의미를 정확히 이해하는 것이 중요합니다. 공공 연구기관의 내부 규정은 관련 법령의 위임 범위 내에서 제정되므로, 내부 규정과 법령이 상충할 경우 법령이 우선하지만, 법령이 재량권을 부여한 경우에는 내부 규정이 중요한 기준이 될 수 있습니다. 기술 사업화 기여에 대한 보상금 지급 기준은 기관의 내부 지침에 따라 달라질 수 있으므로, 기여 인력은 사전에 명확한 기준을 확인하고 기여 내용을 증빙할 수 있는 자료를 잘 관리해야 합니다.