대학 교육관 신축 지연 취득세 감면 거부 처분 사건

학교법인 H는 대학교 교육관 건립을 위해 토지를 취득하고 취득세를 면제받았습니다. 하지만 3년 유예기간 안에 교육관을 완공하지 못하여 면제받았던 취득세가 다시 추징되자, 법인 측은 정당한 사유가 있었다며 취득세 경정청구(세금 재조정 요청)를 했습니다. 그러나 법원은 교육관 건축이 3년 이내에 완료되지 않았고, 법인 측이 주장하는 지연 사유들이 세금을 감면해 줄 만한 '정당한 사유'에 해당하지 않는다고 판단하여, 경정청구 거부 처분이 정당하다고 결정했습니다.

관련 당사자

• 원고: 학교법인 H (I대학교를 운영하는 학교법인으로, 교육관 건립을 위해 토지를 취득했으나 취득세 면제 혜택을 받지 못하게 되자 소송을 제기)
• 피고: <행정구역명>시장 (학교법인 H가 취득세 감면 혜택을 받지 못하도록 결정하고, 취득세 경정청구를 거부한 행정기관)

분쟁 상황

학교법인 H는 2014년 12월 29일 토지를 매입하고 2017년 12월 29일 잔금을 완납하며 소유권을 취득했습니다. 이 토지에 대학교 교육관을 건립할 계획으로 취득세를 면제받았는데, 이는 구 지방세특례제한법 제41조 제1항에 따라 고등교육법상 학교법인이 해당 사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 대한 감면 혜택이었습니다. 그러나 원고는 2017년 12월 29일 토지 취득일로부터 3년 유예기간(2020년 12월 29일까지) 안에 교육관 건립 공사를 완공하지 못했습니다. 이에 2020년 12월 24일 감면받았던 취득세 등 총 86,596,560원을 자진 신고하고 납부했습니다. 이후 2021년 4월 30일에 교육관이 준공되자, 원고는 2021년 4월 27일 피고에게 3년 이내에 사용하지 못한 것에 '정당한 사유'가 있었다며 취득세 경정청구(세금 재조정 요청)를 했습니다. 하지만 피고는 2021년 5월 10일 이 경정청구를 거부하는 처분을 내렸고, 이에 불복한 원고는 조세심판원에 심판청구를 했으나 2022년 9월 20일 기각 결정이 내려졌습니다. 최종적으로 원고는 이 경정거부처분을 취소해달라는 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

취득세 감면을 위한 '직접 사용'의 범위가 토지에 건축물 신축 중인 경우를 포함하는지 여부, 학교법인이 교육관 신축을 3년 내에 완공하지 못한 것에 대해 '정당한 사유'가 있었는지 여부.

법원의 판단

원고인 학교법인 H의 청구를 기각한다. 즉, 피고 <행정구역명>시장이 학교법인 H에 대해 내린 취득세 경정청구 거부 처분은 정당하다. 소송비용은 원고가 부담한다.

결론

법원은 첫째, 취득세 감면을 위한 '직접 사용'은 건축물에 대한 사용승인을 받은 시점을 기준으로 해야 하므로, 건축 중인 상태에서는 직접 사용으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 둘째, 학교법인이 주장한 학과 폐지 및 재정 악화, 폐기물 발견, 공무원 요구로 인한 설계 변경, 코로나19, 장마 등의 사유는 교육관 신축 공사가 3년 내에 완료되지 못한 '정당한 사유'로 인정하기 어렵다고 보았습니다. 특히, 토지 취득 후 2년 3개월이 지나서야 설계용역 계약을 체결하고 공사를 시작한 점, 완공된 건물 규모가 토지 면적의 극히 일부인 356.06㎡에 불과하고 나머지 부분이 나대지 상태인 점, 학령인구 감소는 예측 가능한 사회 현상이었던 점 등을 근거로 들었습니다.

연관 법령 및 법리

구 지방세특례제한법 제41조 제1항: 이 조항은 고등교육법에 따라 설립된 학교법인이 해당 사업(교육사업)에 직접 사용하기 위해 부동산을 취득할 경우 취득세를 면제해 주는 혜택을 규정하고 있습니다. 하지만 단서 조항으로 '정당한 사유 없이 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우'에는 면제했던 취득세를 추징한다고 명시하고 있습니다. 본 사건에서 학교법인 H는 이 단서 조항에 따라 취득세를 추징당했습니다. 구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호 '직접 사용'의 정의: 이 법령은 '직접 사용'을 부동산 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 의미한다고 정의합니다. 법원은 건축물 등을 신축할 목적으로 취득한 토지의 취득세 감면 규정을 적용할 때, 특별한 사정이 없는 한 신축한 건축물에 대해 '사용승인'을 받은 시점을 그 토지를 해당 용도로 직접 사용하는 시점으로 본다고 해석합니다. 즉, 건축물 신축 중인 상태는 '직접 사용'으로 보지 않는다는 것입니다. '정당한 사유'에 대한 판단 기준 (대법원 판례): 대법원은 취득세 감면 후 추징 사유가 되는 '정당한 사유'란 법령에 의한 금지, 제한 등 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유뿐만 아니라, 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다했으나 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다고 봅니다. 정당한 사유가 있었는지 판단할 때는 해당 사업의 공익성, 준비 기간의 장단, 법령상/사실상의 장애 사유 및 정도, 법인의 진지한 노력 여부 등을 종합적으로 고려해야 합니다. 본 사건에서는 학교법인 H가 주장한 여러 사유가 이러한 '정당한 사유'에 해당하지 않는다고 판단되었습니다. 조세법률주의 및 감면 규정의 엄격 해석: 조세법률주의 원칙에 따라 조세 법규는 법문 그대로 해석해야 하며, 합리적인 이유 없이 확장하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않습니다. 특히 세금 감면 규정은 명백한 특혜 규정으로 볼 수 있으므로, 조세 공평의 원칙에 따라 엄격하게 해석해야 합니다. 이 원칙은 법원이 학교법인 H의 주장을 받아들이지 않은 중요한 근거가 되었습니다.

참고 사항

세금 감면 조건의 엄격한 확인: 부동산 취득 시 취득세 감면 혜택을 받으려면, 관련 법규에서 정한 '직접 사용'의 정의와 유예기간 내 이행 조건 등을 사전에 매우 구체적으로 확인해야 합니다. 공사 진행 계획의 신중한 수립: 건축물 신축을 목적으로 토지를 취득하고 세금 감면을 받았다면, 취득일로부터 3년 이내에 건축물을 완공하고 사용승인까지 받을 수 있도록 현실적인 공사 계획을 세우고 철저히 관리해야 합니다. 예상치 못한 상황에 대비한 여유 기간을 확보하는 것이 중요합니다. '정당한 사유'의 범위 이해: 공사 지연 등 유예기간을 지키지 못한 사유가 '정당한 사유'로 인정받으려면, 법령에 의한 금지나 제한과 같이 불가항력적인 외부 사유이거나, 정상적인 노력을 다했음에도 시간적 여유가 없어 발생한 내부 사유여야 합니다. 단순한 경영상 판단 변경, 예측 가능한 사회 현상(학령인구 감소 등), 일반적인 기후 현상(장마 등) 등은 정당한 사유로 인정되기 어렵다는 점을 유념해야 합니다. 공사 착공 시점의 중요성: 토지를 취득한 후 장기간 착공하지 않다가 유예기간 막바지에 공사를 시작하는 것은 '정당한 사유'를 인정받기 어렵게 만들 수 있습니다.