세금 · 행정
주식회사 A는 서울 강서구의 한 산업단지에 기업 부설 연구소용 건물을 짓기 위해 토지를 매입하고, 관련 법령에 따라 취득세 등 지방세 감면 혜택을 받았습니다. 그러나 건물 신축 과정에서 연구소 건축의 특수성, 복잡한 인허가 절차, 그리고 코로나19 팬데믹으로 인한 공사 지연 등의 문제로 토지 취득일로부터 3년 이내에 건물을 완공하여 해당 용도로 사용하지 못했습니다. 이에 서울특별시 강서구청장은 주식회사 A가 '정당한 사유 없이' 기한 내에 토지를 사용하지 않았다며 감면되었던 취득세 등 약 10억 원을 다시 부과했습니다. 주식회사 A는 건설 지연에 정당한 사유가 있었다고 주장하며 이 부과처분의 취소를 요구하는 소송을 제기했고, 법원은 주식회사 A의 주장을 받아들여 세금 부과 처분을 모두 취소했습니다.
주식회사 A는 2018년 1월 26일에 산업단지 내 연구소용 토지를 취득하며 취득세 등의 지방세 감면 혜택을 받았습니다. 지방세특례제한법에 따라 감면된 세금을 추징당하지 않으려면 3년 이내에 해당 용도로 사용해야 했습니다. 그러나 주식회사 A는 인접한 다른 회사들과 함께 약 1,493억 원 규모의 대규모 연구소 건물을 신축하는 과정에서 설계, 건축허가, 지하안전영향평가 등 복잡하고 오랜 준비 기간이 필요했습니다. 또한 2020년 초부터 확산된 코로나19 팬데믹으로 인해 현장 근로자 확진 등으로 공사가 지연되면서, 결국 3년의 기한 내에 건물을 완공하여 사용하지 못했습니다. 이에 서울 강서구청장은 주식회사 A가 정당한 사유 없이 기한을 넘겼다고 보아 2023년 4월 17일 약 9억 6천만 원의 취득세와 지방교육세 등 총 10억여 원의 세금을 다시 부과했습니다.
산업단지에 토지를 취득하고 취득세 감면을 받은 법인이, '정당한 사유' 없이 취득일로부터 3년 내에 해당 용도로 직접 사용하지 않은 경우에 해당하는지 여부가 쟁점이 되었습니다. 특히 대규모 연구소 건축의 특수성과 코로나19 팬데믹이라는 외부적 요인으로 인한 건축 지연이 지방세특례제한법에서 정하는 '정당한 사유'에 포함될 수 있는지가 핵심이었습니다.
법원은 피고 서울특별시 강서구청장이 원고 주식회사 A에 대해 2023년 4월 17일에 한 취득세 등 부과처분을 모두 취소한다고 판결했으며, 소송 비용은 피고가 부담하도록 했습니다.
법원은 주식회사 A가 이 사건 토지의 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 토지를 산업용 건축물의 용도로 직접 사용하지 못한 데에는 '정당한 사유'가 있었다고 판단했습니다. 이는 산업단지 내 기업 유치를 장려하는 지방세 감면 제도의 취지에 부합하고, 대규모 연구소 건축의 특수성 및 복잡한 절차, 그리고 코로나19 팬데믹으로 인한 공사 지연 등이 복합적으로 작용한 결과라고 보았습니다. 따라서 주식회사 A에게 감면된 취득세 등을 추징한 처분은 위법하다고 결론 내렸습니다.
지방세특례제한법 제78조 제4항은 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 건축하기 위한 부동산 취득에 대해 취득세 등을 감면해주는 규정입니다. 이는 기업의 산업 활동을 장려하기 위함입니다. 그러나 같은 법 제78조 제5항 제1호는 '정당한 사유 없이' 그 취득일로부터 3년(2019년 1월 1일부터 2020년 12월 31일까지의 기간 동안 취득한 경우에는 4년)이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 감면된 세액을 추징하도록 규정하고 있습니다. 여기서 '정당한 사유'란 법령에 의한 금지나 제한 등 납세의무자가 자신의 의지로 통제하기 어려운 외부적 요인뿐만 아니라, 목적 사업에 사용하거나 건축 공사에 착공하기 위해 정상적인 노력을 다했음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 요인까지 포함하는 광범위한 개념입니다. 법원은 '정당한 사유'의 유무를 판단할 때 납세의무자가 수행하는 사업의 공익성, 부동산 취득 목적에 비추어 목적 사업에 직접 사용하거나 건축 공사에 착공하는 데 걸리는 준비 기간의 장단, 법령상/사실상의 장애 사유 및 장애 정도, 그리고 납세의무자가 목적 사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다했는지 여부 등을 종합적으로 고려해야 한다고 판시하고 있습니다. 본 사건에서는 대규모 연구소 건축의 특수성, 복잡한 인허가 절차, 그리고 코로나19 팬데믹으로 인한 공사 지연 등이 '정당한 사유'로 인정되었습니다.
세금 감면 혜택을 받았다면 해당 용도로 사용해야 하는 기간을 반드시 확인하고 기한 내 사용이 어려울 경우 그 사유를 명확히 입증할 자료들을 철저히 준비해야 합니다. 특히, 코로나19와 같은 예측 불가능한 사회적 재난으로 인한 지연은 '정당한 사유'로 인정받을 가능성이 높으므로, 공사 중단 통지서, 확진자 발생 기록 등 관련 증거를 잘 보관해야 합니다. 대규모 건축 프로젝트의 경우, 설계, 인허가, 지하안전영향평가 등 준비 기간이 길어질 수 있음을 고려하여 착실한 진행 상황 기록이 중요하며, 각 단계별 진행 일자와 지연 사유를 명확히 문서화해야 합니다. 단순히 시세 차익을 노리거나 세제 혜택만 활용하려는 목적이 아님을 입증할 수 있도록, 초기 사업 계획부터 실제 건물 사용까지 일관된 사업 목적과 진지한 노력을 보여주는 것이 중요합니다.
