세금 · 행정
원고 부부가 서울 서초구 아파트를 24억 5천만 원에 양도한 후 1세대 1주택(고가주택)으로 보아 양도소득세를 신고 납부했으나, 피고 세무서장은 원고 B이 추가 주택을 소유권이전등기한 시점을 기준으로 1세대 3주택자에 해당한다고 보아 중과세율을 적용하여 양도소득세를 경정·고지했습니다. 원고들은 추가 주택의 취득 시점이 잔금 청산일이라고 주장하고, 설령 3주택자라 하더라도 일시적 이주 목적이었으므로 중과세율 적용은 부당하다고 주장하며 처분 취소를 청구했으나 법원은 원고 B의 주택 취득 시점을 소유권이전등기일로 보아 3주택자 지위를 인정했으며 투기 목적이 아니라는 주장을 받아들이지 않아 원고들의 청구를 모두 기각했습니다.
원고 부부는 서울 서초구에 있는 C아파트 D호(조정대상지역 내 고가주택)를 24억 5천만 원에 양도한 후, 이 아파트를 1세대 1주택으로 보고 기본세율과 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고 납부했습니다. 그러나 원고 B은 이미 서울 성북구 E아파트 F호를 소유하고 있었고, 이 사건 양도주택의 잔금 지급일(2020. 1. 30.) 이전에 또 다른 아파트인 서울 서초구 H아파트 I호(제2 주택)의 소유권이전등기를 2019년 12월 26일에 마쳤습니다. 피고 세무서장은 이 소유권이전등기일을 기준으로 원고들이 이 사건 아파트 양도 시점에 총 3채의 주택을 소유한 '1세대 3주택자'에 해당한다고 판단했습니다. 이에 따라 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 100분의 20을 더한 중과세율을 적용하여 2020년 9월 25일 원고 A에게 200,337,190원, 원고 B에게 97,560,710원의 양도소득세를 추가로 부과했습니다. 원고들은 제2 주택의 실제 잔금 청산일은 2020년 1월 9일이므로 양도 시점에 3주택자가 아니었고, 설령 3주택자라 하더라도 주거 이전을 목적으로 일시적으로 소유하게 된 것이므로 중과세율 적용은 부당하다고 주장하며 조세심판 청구를 거쳐 행정소송을 제기했습니다.
이 사건 양도 당시 원고들이 '1세대 3주택자' 지위에 있었는지 여부, 즉 원고 B의 서울 서초구 H아파트 I호 취득 시기가 소유권이전등기일(2019. 12. 26.)인지 매매대금 잔금 청산일(2020. 1. 9.)인지가 쟁점이었습니다. 또한 원고들이 이주 목적으로 주택을 취득하면서 부득이하게 일시적으로 3주택을 보유하게 된 경우에 해당하므로 중과세율 적용이 비례의 원칙에 반하는지 여부도 중요한 쟁점이었습니다.
법원은 원고들의 청구를 모두 기각하고 소송비용은 원고들이 부담하도록 판결했습니다.
법원은 원고 B이 이 사건 제2 주택의 매매대금을 모두 청산하기 전에 소유권이전등기를 먼저 마쳤으므로 관련 법령(구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호)에 따라 취득 시기를 소유권이전등기일인 2019년 12월 26일로 판단했습니다. 이에 따라 이 사건 양도 당시 원고들이 이 사건 양도주택, 이 사건 제1, 2 주택의 총 3주택을 보유한 1세대 3주택자의 지위에 있었다고 보았습니다. 또한 원고들이 주장하는 '이주 목적'이나 '매도인의 요청'으로 인한 일시적 3주택 보유 사정에 대해서는, 원고들이 3주택자가 될 것임을 알면서 제2 주택을 매수했고, 실제 제2 주택에 거주한 사실이 없으며, 매도인의 양도소득세 축소 목적에 협조한 점 등을 들어 실질적으로 3주택을 보유하고 있었던 것으로 볼 수 없는 특별한 사정에 해당하지 않는다고 판단하여 중과세율 적용이 정당하다고 결론 내렸습니다.
이 사건에는 구 소득세법 제98조와 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 제2호 (자산의 취득 및 양도 시기)가 적용되었습니다. 이 법규정들은 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 취득 및 양도 시기를 원칙적으로 매매 대금을 청산한 날로 규정합니다. 그러나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 먼저 마친 경우에는 등기접수일이 취득 시기가 됩니다. 법원은 이 사건에서 원고 B이 이 사건 제2 주택의 잔금을 모두 지급하기 전에 소유권이전등기를 마쳤으므로 등기일인 2019년 12월 26일을 취득 시기로 보아 원고들이 이 사건 양도 당시 1세대 3주택자 지위에 있었다고 판단했습니다. 이는 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기하기 위한 규정입니다. 또한 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 (1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 중과세율 적용)가 관련되었습니다. 이 규정은 1세대 3주택 이상을 보유한 자가 주택을 양도할 경우, 기본세율에 100분의 20을 더한 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하도록 합니다. 이 규정은 투기 목적의 주택 소유를 억제하고 부동산 투기를 차단하여 과세형평 및 주택 가격 안정을 도모하려는 입법 취지를 가집니다. 다만 대법원 판례는 주거 이전을 목적으로 대체주택을 취득하는 과정에서 부득이하게 3주택을 일시적으로 보유하게 되었을 뿐 실질적으로 3주택을 보유하고 있었다고 볼 수 없는 특별한 사정이 있는 경우에는 중과세 대상에서 제외될 수 있다고 판시하고 있습니다. 그러나 이 사건에서 법원은 원고들이 3주택자가 될 것임을 알면서도 제2 주택을 매수했고, 실제 제2 주택에 거주하지 않았으며, 매도인의 양도소득세 축소 목적에 협조한 점 등을 들어 원고들의 주장을 받아들이지 않아 중과세율 적용이 정당하다고 판단했습니다.
부동산을 취득할 때 매매 대금을 모두 지급한 날이 취득 시기인 것이 원칙이지만, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 먼저 마쳤다면 등기 접수일이 취득 시기가 됩니다. 따라서 주택 수를 계산할 때 이 시점을 정확히 확인해야 양도소득세 부과에 대한 오해가 발생하지 않습니다. 여러 채의 주택을 보유한 상태에서 주택을 양도할 경우, 특히 조정대상지역 내 다주택자의 양도에는 중과세율이 적용될 수 있으므로 각별한 주의가 필요합니다. 일시적으로 다주택자가 된 경우라도 단순히 보유 기간이 짧다는 이유만으로 중과세율 적용을 피하기는 어렵습니다. 법원은 실제 주거 이전 목적이 명확하고 투기 목적이 없었다고 볼 만한 특별한 사정이 있는지를 면밀히 심사합니다. 매도인의 요청으로 소유권이전등기일을 조정하더라도 그로 인해 발생하는 다주택자 지위 및 그에 따른 세금 부담은 전적으로 매수자에게 책임이 있을 수 있으므로 계약 체결 및 등기 시점에 본인의 주택 보유 현황을 정확히 파악하고 신중하게 결정해야 합니다. 새로운 주택을 취득한 후 실제 거주 여부나 기존 주택의 처분 계획 등이 주택 보유 목적을 판단하는 중요한 요소가 될 수 있습니다.
