세금 · 행정
농업회사법인A 주식회사는 약용작물 등을 재배하여 대표이사와 그의 배우자가 운영하는 회사들에 판매하고 해당 소득을 작물재배업 소득으로 보아 법인세 전액 면제를 신고했습니다. 그러나 부천세무서장은 세무조사를 통해 이 소득이 농산물 가공·판매 소득이라고 판단하여 법인세 감면을 부인했고, 재조사를 거쳐 50% 감면만 적용하여 2018년부터 2021년까지의 법인세 총 166,793,430원을 부과했습니다. 원고는 판매한 재화가 가공된 농산물이 아니라고 주장하며 처분 취소를 청구했으나, 법원은 원고의 주장을 받아들이지 않고 청구를 모두 기각했습니다.
농업회사법인A 주식회사는 2017년부터 가시오가피, 두릅나무, 고로쇠 등 약용작물 등을 재배·수확하여 대표이사 D이 운영하는 E와 배우자 F이 운영하는 G 주식회사에 판매했습니다. 원고는 이 소득을 '작물재배업에서 발생하는 소득'으로 보아 법인세 전액 면제를 신고했습니다. 그러나 부천세무서장은 2022년 세무조사 후 이 소득이 작물재배업 소득이 아니라고 판단하여 원고에게 2018년부터 2021년 사업연도 법인세 총 279,732,538원을 부과했습니다. 조세심판원의 재조사 결정에 따라 피고는 2023년 11월 29일, 이 사건 소득을 '농산물의 가공 등으로 발생한 소득'으로 보아 50% 감면을 적용하여 총 166,793,430원(2018년 11,198,664원, 2019년 58,831,524원, 2020년 58,122,131원, 2021년 38,641,111원)의 법인세를 경정·고지했습니다. 원고는 자신이 판매한 재화가 가공된 농산물이 아니므로 이 처분이 위법하다고 주장하며 법원에 취소를 청구했습니다.
농업회사법인이 재배한 약용작물을 판매하여 얻은 소득이 조세특례제한법에 따라 '작물재배업에서 발생하는 소득'으로 보아 법인세 전액 면제가 되는지 아니면 '농산물 유통·가공·판매 등에서 발생하는 소득'으로 보아 50% 감면만 적용되는지가 핵심 쟁점입니다.
법원은 원고의 청구를 모두 기각했습니다. 원고가 약용작물 외에 벌꿀, 황토, 분말 등을 포함하여 전자세금계산서를 발행하고, 개별 작물 판매 시와 달리 여러 품목을 한꺼번에 기재했으며, 이 사건 재화의 단가가 단순 작물 가격보다 현저히 높게 형성된 점을 고려했습니다. 또한 원고가 특허를 받은 혼합물에 대한 통상사용권 계약을 맺고 공급상대방이 개별 약용작물을 구입하여 직접 가공할 경제적 합리성이 부족하다는 점, 원고 소유 토지에서 황토 혼합물 더미와 건조기가 발견된 점, 원고 대표이사가 세무조사 당시 황토를 무상으로 가져와 약용작물 등과 배합·혼합했다고 진술한 점 등을 종합하여 이 사건 소득이 '농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득'에 해당한다고 판단했습니다.
원고인 농업회사법인A 주식회사의 법인세 부과처분 취소 청구는 기각되었으며, 소송비용은 원고가 부담하게 되었습니다.
이 사건은 주로 농업회사법인의 법인세 감면 관련 조세특례제한법 조항과 한국표준산업분류에 따른 업종 분류 기준이 적용되었습니다.
조세특례제한법 제68조 제1항: 이 조항은 농업회사법인의 소득에 대한 법인세 감면을 규정합니다. 전단에서는 '식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득' 중 일정 범위의 금액에 대해 법인세 전액 면제를 적용합니다. 후단에서는 '작물재배업에서 발생하는 소득 외에 대통령령으로 정하는 소득'에 대해 50% 감면을 적용합니다. 이 사건에서는 원고의 소득이 전단에 해당하는 '작물재배업 소득'으로 전액 면제를 받을 수 있는지, 아니면 후단에 해당하는 '농산물 유통·가공·판매 등에서 발생하는 소득'으로 50% 감면만 적용되는지가 핵심 쟁점이었습니다.
구 조세특례제한법 시행령 제65조 제1항 제3호: 이 시행령은 법인세 50% 감면이 적용되는 소득 중 하나로 '농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득'을 명시하고 있습니다. 법원은 원고의 사업 활동이 여러 작물의 혼합 및 황토와의 배합 등을 통해 부가가치를 창출하는 가공·판매에 해당한다고 보아 이 조항을 적용하여 50% 감면이 타당하다고 판단했습니다.
한국표준산업분류: 조세특례제한법 제2조 제3항에 따라 각 업종의 분류는 한국표준산업분류를 따릅니다. 이 분류에서 '작물재배업'은 노지 또는 특정 시설 내에서 작물 및 종자를 재배·생산하는 산업활동으로 정의됩니다. 반면, 곡물 가공품 제조업이나 인삼 식품 제조업 등은 가공 산업으로 분류됩니다. 이 기준은 원고가 판매한 재화가 단순 작물인지 아니면 가공된 농산물인지를 판단하는 중요한 근거가 되었습니다.
조세법률주의 원칙 및 입증책임: 조세법률주의 원칙에 따라 조세법규의 해석은 법문대로 이루어져야 하며, 합리적 이유 없이 확장하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않습니다. 또한, 과세처분 취소소송에서 과세요건 사실의 존재 증명 책임은 과세관청에 있지만, 비과세나 감면 요건에 대한 입증책임은 해당 사유를 주장하는 납세의무자에게 있습니다. 따라서 원고는 자신의 소득이 전액 면제 대상임을 명확히 증명해야 할 책임이 있었으나, 법원은 원고가 이를 충분히 입증하지 못했다고 본 것입니다.
농산물 재배 소득에 대한 법인세 감면은 '작물재배업'과 '농산물 유통·가공·판매'의 구분 여부에 따라 감면율이 크게 달라지므로, 사업 활동의 성격을 명확히 구분하고 관련 증빙을 철저히 관리해야 합니다. 단순 재배 농산물과 가공된 농산물 판매를 구분하여 회계 처리 및 증빙 자료를 준비하는 것이 중요합니다. 특히 세금계산서 작성 시에는 품목을 구체적으로 명시하고 혼합 여부, 가공 여부 등을 명확하게 기재하여 오해의 소지를 없애야 합니다. 원물 판매와 가공품 판매의 단가 차이가 큰 경우, 그 차이가 가공에 의한 부가가치임을 합리적으로 설명할 수 있는 원가 구성 자료와 증거를 갖추어야 합니다. 특허 사용 계약, 사업장 내 가공 설비(건조기 등) 보유 여부, 원재료(황토 등) 보관 여부, 그리고 세무조사 시의 진술 등은 소득의 성격을 판단하는 중요한 증거가 될 수 있으므로, 이러한 자료들을 명확히 관리하고 신중하게 진술해야 합니다. 관련 법령에 따라 비과세 또는 감면 요건에 대한 입증책임은 납세의무자에게 있으므로, 감면을 주장하는 경우 명확한 증거를 통해 요건을 충족함을 입증할 수 있어야 합니다.
