세금 · 행정
B 주식회사가 물류단지 내 물류시설용 부동산을 취득하면서 취득세를 감면받았습니다. 이후 B 회사가 해당 부동산을 다른 회사(E)에 임대하자, 피고(김포시장)는 이를 감면 요건 불충족으로 보고 감면된 취득세 등을 추징하려 했습니다. B 회사를 흡수합병한 원고 A 주식회사는 이에 불복하여 경정청구 거부 처분을 취소해달라는 소송을 제기했고 법원은 원고의 손을 들어주었습니다. 핵심 쟁점은 세금 감면 혜택을 받은 부동산의 '직접 사용' 주체가 누구이며 임대 행위가 '다른 용도로 사용'에 해당하는지 여부였습니다.
B 주식회사는 2013년 김포시 물류단지 내 토지와 물류센터를 취득하며 물류사업에 직접 사용하겠다고 신고하여 취득세 4,490,296,041원을 감면받았습니다. 그러나 2013년 9월 패션사업부문을 E 주식회사에 영업 양도하고 물류센터도 E 주식회사에 임대하는 계약을 체결했습니다. 이에 피고 김포시장은 B 주식회사가 부동산을 '직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용'했으므로 감면된 취득세 등을 추징해야 한다며 2018년과 2019년에 걸쳐 경정청구를 거부하는 처분을 내렸습니다. 이후 B 주식회사를 흡수합병한 원고 A 주식회사가 이 처분에 불복하여 소송을 제기했습니다.
물류시설용 부동산에 대한 취득세 감면 후 해당 부동산을 제3자에게 임대하여 물류사업용으로 사용하게 한 경우 이를 '해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도로 사용한 경우'로 보아 감면된 취득세를 추징할 수 있는지 여부가 쟁점이었습니다. 특히 '직접 사용'의 주체를 부동산 소유자로 보아야 하는지 아니면 실제 사용자로 보아야 하는지 그리고 임대 행위가 물류사업의 한 형태로 인정될 수 있는지가 핵심이었습니다.
법원은 피고 김포시장이 원고 A 주식회사에 내린 취득세 4,490,296,041원과 지방교육세 345,332,422원 농어촌특별세 276,363,391원에 대한 경정거부처분을 모두 취소한다고 판결했습니다. 이는 원고의 주장을 받아들여 물류시설용 부동산의 '직접 사용'이 반드시 소유자가 스스로 물류사업에 사용하는 경우만을 의미하지 않으며 제3자에게 임대하여 물류사업용으로 사용하게 하는 것도 '직접 사용'에 해당한다고 본 것입니다.
법원은 물류단지 내 물류시설의 취득세 감면 후 해당 시설을 제3자에게 임대하여 물류사업에 사용하도록 한 경우라도 이는 감면 취지에 부합하는 '직접 사용'으로 볼 수 있으므로 감면된 취득세를 추징하는 것은 위법하다고 판단했습니다.
이 사건은 물류시설용 부동산의 취득세 감면 후 추징 여부를 판단하는 데 있어 중요한 법적 기준을 제시합니다.
구 지방세특례제한법 제71조 제2항 (물류시설용 부동산 취득세 감면 조항): 이 조항은 물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 물류시설용 부동산에 대해 취득세를 면제하도록 규정합니다. B 주식회사는 이 규정에 따라 이 사건 부동산의 취득세를 면제받았습니다.
구 지방세특례제한법 제94조 제2호 (취득세 추징 조항): 이 조항은 물류시설용 부동산에 대한 취득세 감면 후 '해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각, 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우'에는 감면된 취득세를 추징하도록 규정합니다. 피고 김포시장은 B 주식회사가 E 주식회사에 부동산을 임대한 행위가 이 '다른 용도로 사용'에 해당한다고 보아 취득세를 추징하려 했습니다.
'직접 사용'의 해석: 이 사건의 핵심 법리는 '직접 사용'의 의미에 대한 해석입니다. 법원은 과거 대법원 판례(대법원 1984. 7. 24. 선고 84누297 판결 등)를 인용하며 '직접 사용'이 반드시 소유자가 스스로 해당 용도로 사용하는 것만을 의미하지 않는다고 보았습니다. 즉 해당 재산의 사용 용도가 고유의 업무에 사용되는 것이면 충분하며 소유자가 직접 사용하든 제3자에게 임대 또는 위탁하여 사용하게 하든 관계없이 직접 사용에 해당한다고 판단했습니다. 이는 부동산이 물류사업용으로 사용되는 한 누가 사용하는지보다는 '어떤 용도로 사용되는지'가 더 중요하다는 원칙을 따릅니다.
법률 개정의 적용 여부: 2014년 지방세특례제한법이 개정되면서 '직접 사용'이란 '부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다'는 정의 규정(제2조 제1항 제8호)이 신설되었습니다. 그러나 법원은 이 개정 규정이 종래의 해석을 재확인한 것이 아니라 과도한 감면 혜택을 막기 위해 '직접 사용'의 주체를 소유자 중심으로 명확히 밝히기 위해 새로 둔 규정으로 보아야 한다고 판단했습니다. 따라서 이 개정 규정이 이 사건 추징 조항의 해석에 소급하여 영향을 미치지 않는다고 결론 내렸습니다.
물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률 제22조 제1항: 이 법률은 물류단지 지정에 관한 근거 법령으로 이 사건 부동산이 위치한 C물류단지가 이 법률에 따라 지정된 물류단지임을 확인하는 데 사용되었습니다. 이 법률은 물류산업의 발전을 도모하기 위한 취지를 가지고 있으며 법원은 이러한 입법 취지 또한 '직접 사용'의 해석에 고려했습니다.
물류단지 내 부동산 취득세 감면 후 타인에게 임대하더라도 감면 혜택이 유지될 수 있습니다. 단순히 소유자가 직접 사용하지 않고 임대했다는 이유만으로 감면 취득세가 추징되는 것은 아닐 수 있다는 점을 알아두세요. '직접 사용'의 의미는 법률과 판례의 해석을 통해 정해지며 반드시 소유자 스스로 사용하는 것만을 의미하지 않을 수 있습니다. 임차인이 해당 부동산을 감면 목적에 부합하는 용도로 사용하고 있다면 이는 물류사업의 한 방법으로 인정될 수 있습니다. 관련 법률이 개정되었다면 그 적용 시점과 개정 내용이 사건에 미치는 영향을 면밀히 확인해야 합니다. 이 사건의 경우 개정된 '직접 사용' 정의 규정이 소급 적용되지 않는다고 판단되었습니다. 임대차 계약 시 임차인이 해당 부동산을 감면 목적에 부합하는 용도로 사용한다는 점을 명확히 하는 문구를 포함하는 것이 미래 분쟁 예방에 도움이 될 수 있습니다.
