학교법인의 토지 매각 대금 고유목적사업 준비금 불인정 법인세 부과 사건

학교법인이 소유하던 토지를 공익사업자에게 매각한 후 받은 보상금 중 일부를 고유목적사업 준비금으로 손금산입하여 법인세를 신고했습니다. 이후 이 준비금의 일부로 건물을 취득했는데 세무당국은 해당 건물이 고유목적사업에 직접 사용된 자산이 아니라고 판단하여 준비금 사용 불인정 및 법인세를 부과했습니다. 학교법인은 토지 매각 대금이 처음부터 법인세 과세대상이 아니었고 건물 취득이 정당한 고유목적사업에 해당한다고 주장하며 부과 처분 취소를 요구했지만 법원은 이를 받아들이지 않았습니다.

관련 당사자

• 원고: 0000학원을 운영하는 학교법인으로, 토지 매각 대금에 대한 법인세 부과 처분 취소를 청구함
• 피고: 00세무서장으로, 학교법인에 법인세 3,132,298,290원을 부과하는 처분을 내림

분쟁 상황

학교법인 0000학원은 00중학교를 운영하며 설립 당시 출연받은 토지를 기본재산으로 보유했습니다. 이 토지는 염전 운영 및 임대 등으로 수익을 얻어 학교 운영비에 충당하는 데 사용되었습니다. 2010년 이 토지가 공익사업에 수용되어 경기도시공사 등으로부터 보상금 24,083,197,934원을 받았고 이 중 23,099,147,294원을 고유목적사업 준비금으로 손금산입하여 법인세를 신고했습니다. 이후 학교법인은 이 준비금 중 10,200,000,000원을 사용하여 건물을 취득했는데 세무당국은 이 건물 취득이 고유목적사업에 사용되지 않은 것으로 보아 법인세법 제29조 제4항 제4호를 적용하여 가산세 425,777,378원을 포함한 법인세 3,132,298,290원을 부과했습니다. 학교법인은 이에 불복하여 소송을 제기했습니다.

핵심 쟁점

학교법인이 공익사업자에게 매각한 토지의 매각 대금이 법인세 과세 대상인지 여부와 해당 매각 대금을 고유목적사업 준비금으로 계상한 후 건물을 취득한 것이 법인세법상 고유목적사업에 사용된 것으로 인정되는지 여부가 쟁점이었습니다.

법원의 판단

법원은 학교법인의 청구를 모두 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 따라서 세무서장이 학교법인에 부과한 법인세 처분은 적법하다고 보았습니다.

결론

법원은 학교법인이 매각한 토지가 고유목적사업인 교육사업에 직접 사용된 것이 아니므로 그 매각 대금은 법인세 과세 대상이라고 판단했습니다. 또한 고유목적사업 준비금을 손금에 산입하여 법인세를 면제받았다면 5년 이내에 고유목적사업에 직접 사용해야 하는데 건물을 취득한 것은 '직접 사용'에 해당하지 않는다고 보았습니다. 상속세 및 증여세법과 달리 법인세법의 입법 취지는 수입이 고유목적사업에 조속히 직접 사용되도록 하는 데 있으므로 수익용 기본재산 확보 목적만으로는 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 볼 수 없다고 설명했습니다. 최종적으로 법인세 신고 누락에 대한 가산세 부과 역시 정당한 사유가 없다고 판단했습니다.

연관 법령 및 법리

이 판결은 주로 법인세법 제3조 제1항, 제3조 제3항, 제29조 제1항, 제29조 제4항 및 법인세법 시행령 제56조 제5항의 해석에 기반합니다.

1. 법인세법 제3조 제1항 및 제3항 (비영리내국법인의 소득 범위)​:

   • 비영리내국법인의 각 사업연도 소득은 법인세 부과 대상이 됩니다. 특히 '고정자산의 처분으로 생기는 수입'도 법인세 과세 대상 소득에 해당합니다.
   • 다만 '고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산'의 처분으로 인한 수입은 과세 대상에서 제외되는데 법원은 학교법인이 토지를 염전 운영이나 임대에 사용한 것은 교육사업이라는 고유목적에 '직접 사용'한 것으로 볼 수 없으므로 매각 대금은 법인세 과세 대상이라고 판단했습니다.

2. 법인세법 제29조 제1항 및 제4항 (고유목적사업준비금 손금산입 및 익금산입)​:

   • 비영리내국법인이 고유목적사업에 지출하기 위해 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정 범위 내에서 소득금액 계산 시 손금에 산입하여 법인세 면제 혜택을 받을 수 있습니다.
   • 그러나 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 '고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때'와 같은 특정 사유에 해당하면 해당 잔액은 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 시 익금에 산입되어 법인세가 부과됩니다. 법원은 학교법인이 건물 취득에 준비금을 사용한 것은 고유목적사업에 직접 사용한 것이 아니므로 이 규정이 적용된다고 보았습니다.

3. 법인세법 시행령 제56조 제5항 (고유목적사업의 정의)​:

   • '고유목적사업'이란 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립 목적을 직접 수행하는 사업으로서 수익사업 외의 사업을 의미합니다. 법원은 학교법인의 염전 운영이나 임대사업이 교육사업을 '직접 수행'하는 것으로 볼 수 없다고 해석했습니다.

4. 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 및 제2항과의 차이:

   • 원고는 상속세 및 증여세법상 공익법인이 출연받은 재산을 매각하여 수익용 재산을 취득한 것이 '직접 공익목적에 사용'으로 인정되는 점을 들어 법인세법에도 유사하게 적용되어야 한다고 주장했습니다.
   • 그러나 법원은 상속세 및 증여세법이 증여세 회피 방지를 위해 증여재산이 공익목적사업에 이용될 것을 요구하되 수익용 운용을 통해 수익을 공익목적에 이용하는 경우도 포함하는 반면, 법인세법은 수입이 고유목적사업 그 자체를 위해 '가급적 조속히 직접' 사용되도록 하는 입법 취지가 다르다고 보아 원고의 주장을 기각했습니다.

참고 사항

학교법인이나 비영리법인은 고유목적사업에 사용하던 고정자산의 매각 대금이나 고유목적사업 준비금 사용 시 법인세법상 '고유목적사업에 직접 사용'의 의미를 정확히 이해해야 합니다. 수익사업을 위한 투자나 단순히 수익을 발생시켜 운영비를 충당하는 용도로 사용한 것은 법인세법상 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 인정받기 어렵습니다. 특히 상속세 및 증여세법과 법인세법의 고유목적사업에 대한 해석이 다르므로 주의해야 합니다. 고유목적사업 준비금을 손금산입한 경우 5년 이내에 법령이나 정관에 규정된 설립 목적을 직접 수행하는 사업에 사용해야 하며 그렇지 않으면 법인세가 부과될 수 있습니다.