세금 · 행정
원고는 자신의 토지와 주택을 정비사업 시행사에 매도하는 과정에서, 토지 중 일부(이 사건 제1토지)의 소유권이전등기를 매매대금을 모두 받기 전에 먼저 해주었습니다. 원고는 이 토지가 1세대 1주택에 딸린 토지이므로 양도소득세 비과세 대상이라고 주장하며 세무서장의 양도소득세 부과처분 취소를 청구했습니다. 하지만 법원은 해당 토지의 양도시기를 소유권이전등기일로 판단했고, 주택과 분리되어 양도된 것으로 보아 비과세 대상이 아니라고 판시하며 원고의 청구를 기각했습니다.
원고 A는 공인중개업을 운영하던 중 자신의 소유인 토지(제1토지, 제2토지)와 주택을 E도시환경정비구역 제2지구 정비사업 시행사인 ㈜B에 매도하기로 계약했습니다. 2018년 10월 30일 원고는 ㈜B와 이 사건 제1토지를 625,350,000원에, 제2토지 및 주택을 979,550,000원에 매도하는 별개의 매매계약을 체결했습니다. 원고는 2018년 11월 8일 제1토지의 매매대금 중 일부인 362,535,000원만 수령한 상태에서 ㈜B에게 소유권이전등기를 먼저 마쳐주었고, 나머지 잔금은 ㈜B의 사업 지연으로 2021년이 되어서야 사업을 양수한 I㈜로부터 지급받았습니다. 이 사건 주택과 제2토지는 2021년 5월 31일 I㈜에게 소유권이전등기가 완료되었습니다. 원고는 제1토지의 양도를 1세대 1주택에 딸린 토지의 양도로 보고 양도소득세를 비과세로 신고했으나, 피고 동대문세무서장은 제1토지가 1세대 1주택 비과세 대상이 아니라고 판단하여 2023년 2월 6일 원고에게 2018년 귀속 양도소득세 188,672,540원(가산세 포함)을 부과했습니다. 이에 원고는 이 부과처분은 위법하다며 취소 소송을 제기했습니다.
이 사건의 주요 쟁점은 다음과 같습니다. 첫째, 이 사건 제1토지의 양도시기를 언제로 볼 것인지 입니다. 원고는 대금 청산일인 2021년으로 보아 전체 부동산과 함께 양도된 것으로 주장한 반면, 피고는 소유권이전등기일인 2018년으로 보아야 한다고 주장했습니다. 둘째, 이 사건 제1토지의 양도가 '1세대 1주택에 딸린 토지의 양도'로서 양도소득세 비과세 대상에 해당하는지 여부입니다. 셋째, 이 사건 제1토지의 양도가액을 원고가 실제로 받은 금액으로 볼 것인지, 아니면 계약서에 명시된 금액으로 볼 것인지입니다. 넷째, 양도소득세 신고·납부 의무를 이행하지 못한 것에 대한 가산세 부과가 정당한지 여부입니다.
법원은 원고의 청구를 모두 기각하고, 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다.
법원은 이 사건 제1토지의 양도시기가 매매대금 전액을 받기 전에 소유권이전등기가 마쳐진 2018년 11월 8일이며, 이 토지가 1세대 1주택에 부수되는 토지로 볼 수 없으므로 양도소득세 비과세 대상이 아니라고 판단했습니다. 또한, 양도가액은 계약서에 명시된 625,350,000원이 정당하다고 보았고, 대금 지급 지연을 이유로 양도소득세 신고·납부 의무를 해태한 것에 대한 가산세 부과 또한 정당하다고 인정했습니다. 이에 따라 원고의 양도소득세 부과처분 취소 청구는 기각되었습니다.
이 사건과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다. 1. 구 소득세법 제88조 제1호 (양도의 정의): 이 조항은 '양도'란 자산의 등기나 등록 여부와 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통해 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 의미한다고 규정합니다. 이는 실제 자산이 다른 사람에게 넘어갔는지를 기준으로 양도 여부를 판단하겠다는 취지입니다. 2. 구 소득세법 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 및 구 소득세법 시행령 제162조 제1항 (양도 또는 취득의 시기): 이 규정들은 자산의 양도차익을 계산할 때 중요한 '양도시기'를 정의합니다.
부동산 매매 시 대금 청산일과 소유권이전등기일이 다를 경우 양도시기가 달라져 세금 계산에 영향을 미칠 수 있으므로 각별히 유의해야 합니다. 특히, 매매대금을 모두 받기 전에 소유권 이전등기를 해주었다면 등기 접수일이 세법상 양도 시점으로 간주될 수 있다는 점을 인지해야 합니다. 1세대 1주택 양도소득세 비과세 혜택은 주택과 이에 부수되는 토지가 함께 양도될 때 적용되는 것이 원칙입니다. 주택과 토지 중 일부라도 별도로 양도되거나 양도시기가 다르면 비과세 대상에서 제외될 수 있으므로, 해당 요건을 충족하는지 정확히 확인해야 합니다. 부동산 매매계약서에 명시된 거래가액은 세금 계산의 중요한 근거가 됩니다. 실제 수령액이 계약서상 금액과 다르더라도 계약서상 금액이 양도가액으로 인정될 가능성이 높다는 점을 염두에 두어야 합니다. 매매대금 지급 지연과 같은 사정이 있더라도, 양도소득세 신고·납부 의무를 정당한 사유 없이 이행하지 않으면 가산세가 부과될 수 있습니다. 대금 미수령 사유만으로는 정당한 사유로 인정받기 어려울 수 있습니다. 부동산 거래 시에는 계약 내용, 대금 지급 일정, 등기 진행 상황 등을 명확히 하고, 세금과 관련하여 발생할 수 있는 문제에 대해 사전에 면밀히 검토하고 필요 시 전문가의 도움을 받는 것이 중요합니다.
