세금
중소벤처기업진흥공단이 출자하여 설립된 주식회사 A가 2015년 제1기부터 2019년 제2기까지의 부가가치세를 신고하면서 '마케팅지원사업' 관련 매입세액을 공제하였습니다. 그러나 양천세무서장은 이 사업이 비과세사업에 해당하여 매입세액 공제 대상이 아니라고 보아 부가가치세 및 가산세를 부과하였고, 주식회사 A는 이에 불복하여 소송을 제기했으나 법원은 세무서장의 손을 들어주었습니다.
주식회사 A는 1995년 중소벤처기업진흥공단이 중소기업 판로확보 지원을 위해 설립한 법인으로, '유통사업'과 '마케팅지원사업'을 수행해왔습니다. 2020년부터 2021년까지 서울지방국세청의 세무조사 결과, '마케팅지원사업'은 비과세사업임에도 불구하고 주식회사 A가 2015년 제1기부터 2019년 제2기까지 관련 매입세액을 전액 공제한 사실이 확인되었습니다. 이에 양천세무서장은 해당 매입세액을 불공제하여 주식회사 A에 2015년 제1기부터 2019년 제2기까지의 부가가치세와 가산세를 증액하여 고지하였습니다. 주식회사 A는 자사의 사업이 하나의 과세사업이거나, 마케팅지원사업 또한 과세사업이므로 매입세액 공제가 정당하다고 주장하며 처분 취소 소송을 제기했습니다.
주식회사 A의 '판로지원 확보사업'이 '유통사업'과 '마케팅지원사업'이라는 두 개의 별개 사업으로 구분될 수 있는지 여부 그리고 만약 구분된다면 '마케팅지원사업'이 부가가치세법상 과세사업에 해당하는지 또는 비과세사업에 해당하는지 여부가 이 사건의 핵심 쟁점입니다.
법원은 원고 주식회사 A의 청구를 모두 기각하고, 양천세무서장이 주식회사 A에 부과한 부가가치세 부과처분(가산세 포함)이 적법하다고 판결했습니다.
법원은 주식회사 A가 '유통사업'과 '마케팅지원사업'이라는 두 개의 별개 사업을 겸영하고 있다고 판단했습니다. 그 근거는 각 사업의 법적 근거와 주체, 사업 내용, 재원 조달 방법 및 회계 관리 방식, 인적 조직이 명확히 구분된다는 점입니다. 또한, '마케팅지원사업'은 주식회사 A가 중소기업들로부터 용역 공급에 대한 대가를 지급받았다고 볼 수 없고, 국고보조금을 재원으로 하여 무상으로 용역을 공급한 것이므로 부가가치세법상 비과세사업에 해당한다고 보았습니다. 따라서 비과세사업과 관련된 매입세액은 공제할 수 없다는 결론을 내렸습니다.
본 사건에서는 다음과 같은 법령과 법리가 적용되었습니다. 1. 구 부가가치세법 제14조(주된 사업과 관련된 재화 또는 용역의 공급): 여러 사업이 하나의 사업으로 간주될지, 별개로 간주될지를 판단하는 기준을 제시합니다. 법원은 이 조항을 바탕으로 원고의 유통사업과 마케팅지원사업을 별개의 사업으로 판단했습니다. 2. 중소기업진흥법 제69조 제1항 및 동법 시행령 제71조 제3항, 그리고 판로지원법 제26조: 이 법령들은 원고 설립의 근거와 원고가 수행할 수 있는 사업의 종류, 그리고 정부 위탁 사업으로서 마케팅지원사업의 법적 근거를 명시하여 두 사업의 법적 성격이 다름을 뒷받침합니다. 3. 구 부가가치세법 제37조 제2항(납부세액) 및 제39조 제1항(매입세액 불공제): 부가가치세 납부세액 계산 방식과 함께 면세사업 등 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않음을 규정합니다. 4. 구 부가가치세법 제12조 제2항 본문(용역의 공급으로 보지 아니하는 것): 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 않는다고 명시하고 있습니다. 법원은 마케팅지원사업의 경우 원고가 중소기업들에게 대가를 받지 않고 용역을 공급한 것이므로 이 조항에 따라 비과세사업에 해당한다고 판단했습니다. 5. 대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결 등: 매입세액은 오로지 과세사업과 관련된 지출에 대한 부가가치세액만이 공제되는 매입세액에 해당한다는 법리를 재확인합니다.
회사가 여러 사업을 겸영하는 경우, 각 사업의 성격을 명확히 구분하고 관련 법령 및 회계 처리 방식을 철저히 준수해야 합니다. 특히 정부 보조금을 받아 수행하는 사업의 경우, 해당 보조금이 실제 용역 공급의 대가로 볼 수 있는지, 아니면 단순히 사업 수행을 위한 재원에 불과한지 면밀히 검토해야 합니다. 본 사례와 같이 관리기관으로서 보조금을 집행하고 전문기관에 용역 업무를 위탁하는 구조에서는, 관리기관이 실제 용역을 공급하고 대가를 받았다고 인정되기 어려울 수 있습니다. 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우, 매입세액을 안분하여 계산하고 비과세사업 관련 매입세액은 공제 대상이 아님을 유의해야 합니다.
