세금 · 행정
원고가 일시적 2주택 양도소득세 비과세 특례를 적용받아 세금을 신고했지만, 세무서가 대체주택 취득 시기의 기간 계산 방식 변경을 이유로 특례 적용을 부인하고 거액의 양도세를 부과했습니다. 법원은 원고가 대체주택을 취득할 당시의 세법 해석 및 국세행정 관행에 따라 기간을 계산했으므로, 이후 변경된 해석을 소급하여 적용하여 세금을 부과한 것은 위법하다고 판단하여 세금 부과 처분을 취소했습니다.
원고는 2015년 3월 31일 기존 주택을 취득한 후, 2016년 3월 31일 대체 주택을 취득했으며, 2018년 6월 15일 기존 주택을 양도했습니다. 원고는 기존 주택 취득일로부터 정확히 1년이 지난 후 대체 주택을 취득했다고 판단하여, 일시적 2주택 양도소득세 비과세 특례를 적용해 양도소득세 335,905원을 신고·납부했습니다. 그러나 세무서는 대체 주택이 기존 주택 취득일로부터 1년이 지나기 전에 취득된 것으로 보고 특례 적용을 부인하며 177,287,162원(신고불성실 가산세 15,593,910원, 납부불성실 가산세 5,754,152원 포함)의 양도소득세를 부과했습니다. 이는 기간 계산 시 첫날(초일)을 포함하는지 여부에 대한 세무 당국과 원고의 해석 차이에서 비롯된 것입니다.
일시적 2주택 양도소득세 비과세 특례를 적용받기 위한 '종전 주택 취득일로부터 1년 이상이 지난 후 대체 주택 취득'이라는 요건에서 기간을 계산할 때 첫날(초일)을 포함하는 것이 기존의 국세행정 관행이었는지, 그리고 그 관행이 변경된 경우 새로운 해석을 소급하여 적용하는 것이 국세기본법에 위반되는지 여부.
피고 성동세무서장이 원고에게 부과한 2018년 귀속 양도소득세 177,287,160원(가산세 포함)의 부과 처분을 취소한다. 소송 비용은 피고가 부담한다.
법원은 국세행정에 일반적으로 받아들여진 관행이 존재하는 경우 납세자가 이를 신뢰하여 행동했다면, 이후 그 관행이 변경되었더라도 변경 전의 행위에 대해서는 소급하여 불리한 과세를 할 수 없다는 국세기본법 제18조 제3항의 원칙을 적용했습니다. 원고가 대체주택을 취득할 당시에는 초일을 산입하여 기간을 계산하는 것이 국세청의 공식적인 유권해석 및 관행이었으므로, 이후 초일 불산입으로 해석이 변경되었더라도 원고의 이전 행위에 대해 이를 소급 적용하여 과세하는 것은 위법하다고 보았습니다.
구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목은 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체 취득하는 경우 등 대통령령으로 정하는 주택에 대해서는 양도소득세를 과세하지 않는다는 비과세 원칙을 규정합니다. 이는 실수요 목적으로 주택을 갈아타는 경우 세금 부담을 덜어주기 위한 목적입니다. 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 (일시적 2주택 비과세 특례)은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 기존 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득하여 일시적으로 2주택이 된 경우, 다음 두 가지 조건을 모두 충족하면 기존 주택을 1세대 1주택으로 보아 양도소득세 비과세 혜택을 줍니다. 첫째, 종전 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득해야 합니다. 이 사건의 핵심 쟁점으로, 기존 주택을 취득한 지 최소 1년이 지나야 새로운 주택을 취득할 수 있다는 요건입니다. 둘째, 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전 주택을 양도해야 합니다. 새로운 주택을 취득한 날로부터 3년 이내에 기존 주택을 처분해야 합니다. (이 규정은 여러 차례 개정되어 기간이 변경된 이력이 있습니다.) 국세기본법 제18조 제3항 (소급과세금지 및 비과세 관행의 존중)은 "세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다"고 명시하고 있습니다. 이는 납세자의 예측 가능성과 법적 안정성을 보호하기 위한 중요한 원칙입니다. 즉, 납세자가 국세청의 기존 해석이나 관행을 믿고 행동했다면, 나중에 그 해석이나 관행이 바뀌더라도 과거의 행위에 대해 소급하여 세금을 부과할 수 없다는 의미입니다. 이 사건에서 법원은 기존의 '초일 산입' 관행을 신뢰했던 원고에게 '초일 불산입'이라는 새로운 해석을 소급 적용하여 과세한 것이 이 원칙에 위배된다고 판단했습니다.
세금 관련 기간을 계산할 때는 기준일이 언제부터인지, 첫날(초일)이 포함되는지 아닌지를 명확히 확인해야 합니다. 세법 해석이나 관행이 변경될 수 있으므로, 부동산 취득이나 양도 등 중요한 거래 전에는 최신 세법과 관련 예규, 판례를 반드시 확인해야 합니다. 과거 국세청의 유권해석(예규)이 나중에 변경되더라도, 납세자가 해당 유권해석을 신뢰하여 행동했던 시점에는 그 해석이 유효했다고 인정될 수 있습니다. 비록 세법 해석이 변경되었더라도, 납세자가 기존의 공적인 해석이나 관행을 신뢰하여 정당하게 행동한 부분에 대해서는 소급하여 불이익을 주지 않는다는 '소급과세금지 원칙'이 적용될 수 있습니다.
