행정
A 주식회사가 1990년 주식 상장을 전제로 특별 자산 재평가를 실시하고 재평가세를 납부했으나, 2003년까지 상장을 하지 못해 재평가를 취소했습니다. 이에 세무당국은 법인세를 재계산하고 재평가세를 환급하면서 환급가산금을 지급했습니다. 그러나 재정경제부의 예규에 따라 환급가산금의 일부를 회수하려 하자 A 주식회사는 이에 불복하여 소송을 제기했습니다. 법원은 환급가산금의 기산일은 최초 재평가세 납부일 다음 날로 보아야 한다며 세무서의 환급가산금 부과처분을 취소했습니다.
A 주식회사는 1990년 주식 상장을 전제로 조세감면규제법에 따라 자산 재평가를 하고 총 12,513,027,680원의 재평가세를 납부했습니다. 그러나 상장 기한인 2003년 12월 31일까지 상장을 하지 못하자 2003년 12월 30일 자산 재평가를 취소했습니다. 이에 세무서는 A 주식회사의 법인세를 재계산하여 1990년부터 1999년 사업연도 법인세 등 총 156,843,073,190원을 경정 고지했으며, 동시에 이미 납부했던 재평가세 12,513,027,680원과 이에 대한 환급가산금 15,355,490,890원을 합하여 환급했습니다. 이후 재정경제부에서 재평가세 환급가산금은 상장기한인 2003년 12월 31일이 속하는 법인세 납부시한인 2004년 3월 31일까지의 기간에 해당하는 금액을 제외하고 환수되어야 한다는 예규를 발표했습니다. 이에 따라 역삼세무서장은 A 주식회사에 이미 지급했던 환급가산금 중 15,311,945,550원을 다시 징수하는 처분을 내렸습니다. A 주식회사는 이 징수 처분이 부당하다고 주장하며 소송을 제기했습니다.
기업이 주식 상장 목적으로 특별 자산 재평가를 실시했다가 상장 기한 내에 상장하지 못해 재평가를 취소한 경우, 이미 납부했던 재평가세를 환급받을 때 환급가산금(환급 이자)의 계산 시작일(기산일)을 언제로 볼 것인지가 핵심 쟁점입니다. 피고는 법률 개정 또는 법인세 가산세와의 형평을 주장하며 환급가산금 기산일을 늦춰야 한다고 주장했으나, 원고는 국세기본법 제52조 제1호에 따라 최초 납부일 다음 날로 보아야 한다고 주장했습니다.
법원은 피고(역삼세무서장)가 2006년 5월 19일 원고(A 주식회사)에 대하여 부과한 15,311,945,550원의 환급가산금 부과처분을 취소하고, 소송 총비용은 피고가 부담하도록 판결했습니다. 즉, 원고의 주장을 받아들여 세무서가 환급가산금을 다시 징수하려 한 처분은 위법하다고 판단했습니다.
법원은 자산 재평가 취소로 인해 재평가세 부과 자체가 처음부터 위법하게 되었으므로, 환급가산금의 기산일은 국세기본법 제52조 제1호에 따라 재평가세 납부일 다음 날로 보아야 한다고 판단했습니다. 이는 국가가 법률상 원인 없이 보유하게 된 '부당이득'에 대한 법정 이자 성격인 환급가산금의 취지에 부합하며, 관련 법령 개정으로 인한 환급금이나 법인세 가산세와의 형평 문제를 들어 이를 다르게 적용할 수 없다고 보았습니다.
