세금 · 행정
A 회사는 울산 남구의 산업단지 공장용지를 취득하며 산업용 건축물 등을 신축하기 위한 부동산으로 인정받아 취득세와 등록세를 면제받았습니다. 이후 A 회사는 이 토지의 일부를 산업용 건축물이 없는 나대지 상태로 사내 창업 회사인 D 회사에 임대했고 D 회사는 그 위에 공장을 신축하여 운영했습니다. 이에 울산광역시 남구청장은 A 회사가 면제 요건을 충족하지 못했다며 취득세와 등록세 총 76,227,780원을 추징했습니다. A 회사는 나대지를 임대한 경우도 감면 대상에 해당하며 D 회사는 A 회사의 일부이므로 D 회사의 공장 신축은 A 회사의 직접 사용으로 보아야 한다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했습니다.
A 회사는 2005년 9월 22일 울산 남구 산업단지의 공장용지를 취득하면서 산업단지 내 산업용 건축물 등을 신축하기 위한 부동산으로 인정받아 취득세와 등록세를 면제받았습니다. 그러나 A 회사는 2005년 12월 1일, 취득한 토지 중 일부인 9,900㎡를 산업용 건축물이 건축되지 않은 나대지 상태로 사내창업 회사인 주식회사 D에 임대했습니다. D 회사는 이 토지 위에 선박제조 공정을 위한 공장을 신축하여 운영했습니다. 이에 울산광역시 남구청장은 2010년 4월 30일, A 회사가 해당 토지를 직접 산업용으로 사용하지 않고 D 회사에 임대했다는 이유로 취득세 38,113,890원과 등록세 38,113,890원, 총 76,227,780원을 추징하는 처분을 내렸습니다. A 회사는 이 처분이 부당하다고 주장하며 소송을 제기했습니다.
구 지방세법상 '공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자'의 취득세 및 등록세 면제 규정에서 '공장용 부동산'이 산업용 건축물이 없는 나대지 상태의 토지를 포함하는지 여부입니다. 또한, A 회사가 나대지 상태의 토지를 임대하여 임차인인 D 회사가 그 위에 산업용 건축물을 신축한 경우, A 회사가 취득세 및 등록세 면제 대상에 해당하는지 그리고 D 회사가 A 회사의 사내 창업 회사라는 특수 관계를 고려할 때 D 회사의 토지 사용을 A 회사의 '직접 사용'으로 볼 수 있는지 여부가 이 사건의 주요 쟁점입니다.
항소심 법원은 제1심 판결을 취소하고, 원고 A 주식회사의 청구를 기각했습니다. 이에 따라 울산광역시 남구청장이 A 회사에 부과한 취득세와 등록세 추징 처분은 적법하다고 판결되었으며 소송과 관련된 모든 비용은 A 회사가 부담하게 되었습니다.
법원은 구 지방세법 제276조 제1항 본문의 취득세 및 등록세 면제 대상 규정을 엄격하게 해석했습니다. '공장용 부동산'을 중소기업자에게 임대하는 경우의 면제 조항에서 '공장용 부동산'은 산업용 건축물이 이미 건축되어 있거나 건축될 예정인 상태의 토지를 의미하며 산업용 건축물이 없는 나대지 상태의 토지는 여기에 포함되지 않는다고 보았습니다. 따라서 A 회사가 나대지를 D 회사에 임대한 행위는 면제 대상에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 또한 법원은 D 회사가 A 회사의 사내 창업 회사이고 지원을 받았다고 하더라도 D 회사는 A 회사와 별개의 법인격을 가진 회사이므로 D 회사가 토지에 공장을 신축하여 사용한 것을 A 회사가 '직접' 산업용 건축물 등의 용도로 사용한 것으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 결과적으로 A 회사의 토지 임대는 구 지방세법상 면제된 취득세와 등록세를 추징하는 사유인 '산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우'에 해당한다고 보아 울산광역시 남구청장의 세금 추징 처분은 적법하다고 결론 내렸습니다.
구 지방세법(2005. 12. 31. 법률 제7834호로 개정되기 전의 것) 제276조 제1항: 이 조항은 산업단지 안에서 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하기 위하여 취득하는 부동산, 그리고 공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대해 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있습니다. 다만, '그 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 사용일로부터 2년 이상 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우'에는 면제된 세금을 추징한다고 명시하고 있습니다. 본 판례에서 법원은 제276조 제1항 본문 괄호 안의 '공장용 부동산'을 본문 규정의 '산업용 건축물 등'과 달리 보기 어렵다고 해석했습니다. 이는 건축물이 없는 나대지 상태의 공장용지는 '공장용 부동산'에 포함되지 않으므로 이러한 나대지를 중소기업자에게 임대하여 임차인이 건축물을 신축하더라도 원래 토지 소유주는 취득세 및 등록세 면제 대상이 아니라고 판단한 것입니다. 또한, '직접 사용'이라는 요건은 면제 혜택을 받은 주체가 직접 그 용도로 사용해야 함을 의미하며 별개의 법인격인 다른 회사의 사용을 직접 사용으로 볼 수 없다고 보았습니다.
세금 감면 혜택은 법률에 명시된 요건을 엄격히 해석하여 적용됩니다. 특히 '공장용 부동산'과 같은 용어의 의미를 법원 판례나 유권해석을 통해 정확히 확인해야 합니다. 나대지 상태의 토지를 임대하는 경우, 임차인이 산업용 건축물을 지어 사용하더라도 토지 소유주는 면세 혜택을 받지 못하고 추징될 수 있습니다. 감면을 받으려면 토지 소유주가 직접 건축물을 신축하거나 이미 건축물이 있는 상태로 임대해야 할 가능성이 높습니다. 관련이 깊은 회사(예: 사내 창업 회사, 관계사)라 하더라도 법인격이 별개인 경우, 한 회사의 행위가 다른 회사의 '직접 사용'으로 인정되지 않을 수 있습니다. 세금 혜택을 받을 때에는 각 법인의 독립성을 고려하여 법률 요건을 충족하는지 검토해야 합니다. 세금 면제 조건을 위반하면 면제받았던 세금뿐만 아니라 가산세까지 추징될 수 있으므로, 부동산 취득 후 용도 변경이나 사용 방식에 변경이 생길 경우 관련 법규를 미리 확인하고 예상치 못한 세금 추징을 방지해야 합니다.
