세금 · 행정
원고 A가 1998년 취득한 토지와 건물(허가 건물 및 무허가 건물 포함)을 2020년 지역주택조합에 양도한 후 양도소득세를 신고했습니다. 피고 북대전세무서장은 세무조사를 통해 건물 중 일부가 사업장으로 사용된 무허가 건물임을 확인하고, 주택으로 사용된 부분에 대해서만 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 재산정하여 부과했습니다. 원고는 자신의 건물 전체가 주택으로 간주되어야 비과세 대상이라고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했으나, 법원은 원고의 주장을 받아들이지 않았습니다.
원고는 1998년 취득한 대전 유성구의 토지(1,844㎡)와 허가 건물(223.78㎡) 및 이에 접한 무허가 건물까지 포함하여 2020년 12월 31일 C지역주택조합에 총 2,844,831,000원에 양도했습니다. 원고는 이 허가 건물을 1세대 1주택 고가주택으로, 토지 중 일부를 8년 자경 감면 대상 토지로, 나머지를 주택 부수 토지로 신고하여 77,116,868원의 양도소득세를 납부했습니다. 그러나 피고는 세무조사 결과 무허가 건물이 사업장으로 사용되었음을 확인하고, 주택으로 사용된 허가 건물 부분(223.78㎡)과 주택 외 용도로 사용된 무허가 건물 부분(223.78㎡)의 면적이 동일하여 전체를 주택으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 이에 피고는 주택으로 사용된 부분과 그 부수 토지에 대해서만 비과세 및 장기보유특별공제를 적용하여 1차로 274,396,280원의 양도소득세를 경정·고지했습니다. 이후 피고는 허가 건물 중 주택으로 사용된 면적이 151.44㎡임을 다시 확인하여 2차로 84,634,960원을 추가 고지했습니다. 원고의 이의신청 및 조세심판원 결정에 따라 주방, 창고②, 욕실 부분을 주거용으로 보고 주택 면적을 재산정하여 15,760,840원을 감액한 3차 경정처분이 이루어졌고, 최종적으로 원고는 343,270,400원의 양도소득세 부과 처분을 다투게 되었습니다. 원고는 허가 건물 내 창고①, 복도, 외벽 보일러실 부분이 주택으로 사용되었거나 주택으로 전환될 수 있는 상태였으므로 전체 건물을 주택으로 보아 비과세되어야 한다고 주장했습니다.
이 사건의 쟁점은 원고가 양도한 건물 중 창고, 복도, 보일러실로 사용된 부분이 '주택'으로 인정되어 양도소득세 비과세 요건인 '1세대 1주택'에 해당하는지 여부입니다. 특히, 주택의 연면적이 주택 외 부분의 연면적보다 큰 경우에 전체를 주택으로 보는 구 소득세법 시행령 조항의 적용 여부가 핵심입니다.
법원은 원고의 청구를 기각하고 소송비용은 원고가 부담하도록 판결했습니다. 즉, 피고 북대전세무서장의 양도소득세 부과 처분은 적법하다고 판단했습니다.
법원은 원고가 주장하는 창고①, 복도, 보일러실 부분이 사실상 주거용으로 사용되었거나 언제든지 주거용으로 사용할 수 있는 상태였다는 점이 증명되지 않았다고 판단했습니다. 오히려 해당 부분에는 목재 등 자재가 보관되어 있었고, 보일러 시설은 임시 구조물로 건물의 실체를 갖추었다고 보기 어려웠습니다. 따라서 이 부분들을 주택으로 볼 수 없으므로, 이 사건 전체 건물의 주택 연면적이 주택 외 부분의 연면적보다 크지 않아 1세대 1주택 비과세 요건에 해당하지 않는다고 결론 내렸습니다.
구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목 및 구 소득세법 시행령 제154조 제1항: 1세대가 1주택을 2년 이상 보유한 경우, 해당 주택과 그에 딸린 일정 면적 이내의 토지 양도 소득에 대해서는 양도소득세를 비과세합니다. 이는 서민의 주거 안정을 위한 정책적인 배려입니다. 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 (겸용주택의 비과세 판단): 하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분(예: 상가, 창고 등)으로 함께 사용되는 경우, 원칙적으로 그 전부를 주택으로 봅니다. 다만 주택의 연면적(바닥 면적의 합계)이 주택 외 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않습니다. 이는 주택의 비과세 혜택이 주택 본연의 기능에 주로 초점을 맞추도록 하기 위함입니다. 구 소득세법 제88조 제7호 (주택의 정의): '주택'이란 건축허가 여부나 공부(등기부등본, 건축물대장 등)상의 용도 구분에 관계없이 실제 주거용으로 사용하는 건물을 말합니다. 만약 용도가 분명하지 않다면 공부상의 용도에 따릅니다. 이는 실질과세의 원칙을 반영한 것으로, 건물의 외형보다는 실제 거주 여부가 중요함을 강조합니다. 일시적으로 다른 용도로 사용되었더라도 주거용에 적합한 구조와 기능이 유지되고 있어 언제든지 주거용으로 사용할 수 있는 상태라면 주택으로 인정될 수 있습니다. 비과세 요건에 대한 증명책임: 양도소득세 비과세 혜택을 받기 위한 요건(예: 1세대 1주택에 해당함)을 충족한다는 사실은 비과세 혜택을 주장하는 납세의무자(이 사례에서는 원고)에게 증명할 책임이 있습니다. 즉, 세금을 부과하는 과세관청이 아닌 세금을 내야 하는 사람이 비과세 요건을 갖추었음을 입증해야 합니다.
여러 용도로 사용되는 복합 건물을 양도할 때는 각 부분의 실제 사용 용도를 명확하게 입증할 수 있는 자료를 충분히 준비해야 합니다. 주택의 비과세 여부를 판단할 때 공부상의 용도뿐만 아니라 실제 사용 현황이 중요합니다. 건물의 구조, 기능, 시설 등이 본래 주거용으로서 주거 기능이 유지되는지, 언제든지 주택으로 사용 가능한 상태인지가 주요 판단 기준이 됩니다. 임시 구조물이나 명확히 구분되지 않은 공간(예: 창고, 복도)은 주거용으로 인정받기 어렵습니다. 특히 사업용으로 사용된 이력이 있는 경우, 주거용으로 전환되었다는 명확한 증거가 필요합니다. 건물 전체를 주택으로 인정받으려면 '주택의 연면적'이 '주택 외 부분의 연면적'보다 커야 하므로, 각 부분의 면적과 실제 사용 용도에 대한 정확한 파악과 증명이 필수적입니다. 양도소득세 신고 시 건축사가 작성한 현황도면이나 사실확인서 등 객관적인 자료는 세무조사나 분쟁 발생 시 중요한 증거가 될 수 있으므로 신중하게 작성해야 합니다.
