행정
국토교통부장관이 A 주식회사 및 연구원 B, C에 대해 국가 연구개발 사업 참여 제한 3년과 사업비 총 76억 원 환수 처분을 내렸습니다. 피고는 연구개발 결과가 극히 불량하여 연구개발과제가 중단 또는 실패로 결정되었음을 처분 사유로 들었습니다. 그러나 원고들은 연구 목표 변경이 적법하게 이루어졌고 연구를 성실히 수행했으므로 처분이 위법하다고 주장했습니다. 법원은 이 사건 제1과제의 연구 목표 변경이 적법하게 이루어졌다고 보아 처분 사유가 존재하지 않는다고 판단했습니다. 또한 제2과제의 경우 연구개발 결과가 불량했으나, 연구원 B은 외부 요인으로 인해 연구가 지연된 것이므로 불성실 수행으로 볼 수 없으며, 원고 A 주식회사에 대한 사업비 전액 환수는 재량권 남용에 해당한다고 보아 피고가 내린 모든 처분을 취소했습니다.
국토교통부 산하 전문기관인 F은 G 주관연구기관과 철도기술연구사업인 L 과제 및 M 과제에 대한 연구개발 협약을 체결했습니다. G은 다시 원고 A 주식회사와 L 과제의 세부과제인 'D' (이 사건 제1과제) 및 M 과제의 세부과제인 'U' (이 사건 제2과제)에 대한 연구개발 협약을 맺었고, 원고 C은 제1과제, 원고 B은 제2과제의 협동연구책임자를 맡았습니다. 2차년도에 L 과제 예산이 삭감되면서 L 과제의 총 사업목표가 'H 시제차 및 J 시제차 각 1량 제작'에서 'H 목업 및 J 시제차 각 1량 제작'으로 변경되었고, 이에 따라 연차별 연구 목표도 '상세설계'에서 '기본설계'로 축소되었습니다. G과 원고 회사도 이에 맞춰 제1과제의 협약을 변경했습니다. 이후 2차년도 중간평가에서 제1, 2과제 모두 저조한 점수를 받았고, 현장실사에서도 일부 미흡한 점이 지적되었습니다. 결국 피고는 L 과제 및 M 과제 전체에 대한 연구개발 중단 결정을 내렸습니다. 이를 근거로 피고는 원고 A 주식회사에 대해 제1과제 및 제2과제 관련 사업비 약 76억 원을 환수하고, 원고 A 주식회사 및 연구원 B, C에 대해 각 3년간 국가 연구개발사업 참여 제한 처분을 내렸습니다. 피고는 제1과제는 연구 결과가 극히 불량하고 원고 회사와 원고 C이 불성실하게 수행했다고 보았으며, 제2과제는 연구 결과가 극히 불량하나 원고 회사는 성실하게 수행했지만 원고 B은 불성실하게 수행했다고 판단했습니다. 이에 원고들은 제1과제의 연구 목표가 적법하게 변경되었으므로 변경된 목표를 기준으로 평가해야 하며, 제2과제의 경우 외부적 요인으로 지연된 것이므로 불성실 수행으로 볼 수 없고, 사업비 환수 처분도 지나치다고 주장하며 처분 취소 소송을 제기했습니다.
국가 연구개발 사업의 총 사업목표 및 연차별 연구개발목표 변경 시 별도의 협약 변경 절차를 거쳐야 하는지, 이 사건 제1과제의 총 사업목표 및 2차년도 연구개발목표가 변경된 것으로 볼 수 있는지, 이 사건 제1과제의 연구개발 결과가 '극히 불량'하여 참여 제한 및 사업비 환수 처분의 사유가 되는지, 이 사건 제2과제의 연구책임자인 원고 B이 연구개발을 성실하게 수행했다고 볼 수 있는지, 그리고 원고 회사에 대한 이 사건 제2과제 사업비 전액 환수 처분이 재량권 일탈·남용에 해당하는지 여부가 이 사건의 주요 쟁점이었습니다.
법원은 피고가 2016년 9월 8일 원고 A 주식회사에 대하여 한 국가연구개발사업 참여제한 3년(2016년 9월 8일부터 2019년 9월 7일까지) 처분, D 사업비 3,084,603,220원 환수처분, E 사업비 4,562,941,480원 환수처분, 원고 B, C에 대하여 한 각 국가연구개발사업 참여제한 3년(2016년 9월 8일부터 2019년 9월 7일까지) 처분을 모두 취소한다고 판결했습니다. 소송 비용은 피고가 전부 부담하도록 했습니다.
법원은 국토교통부장관이 원고들에게 내린 국가 연구개발 사업 참여 제한 및 사업비 환수 처분이 위법하다고 판단했습니다. 이는 처분의 전제가 되는 사실(연구 목표 변경 인정 여부)을 오인했거나, 연구원들의 불성실 수행을 인정하기 어렵거나, 사업비 환수 처분에서 재량권을 남용했다고 본 결과입니다. 따라서 원고들은 모든 처분에서 벗어날 수 있게 되었습니다.
이 사건은 국가 연구개발 사업에 대한 참여 제한 및 사업비 환수 처분의 적법성 여부를 다루었습니다. 주요 관련 법령 및 법리는 다음과 같습니다.
과학기술기본법 제11조의2 제1항 (국가 연구개발 사업 참여제한 및 사업비 환수): 이 조항은 연구개발 결과가 극히 불량하여 연구개발과제가 중단되거나 실패로 결정된 경우, 중앙행정기관의 장이 관련 기관, 단체, 기업, 연구책임자 등에 대해 5년 범위에서 사업 참여를 제한하고 출연 또는 보조한 사업비의 전부 또는 일부를 환수할 수 있도록 규정합니다. 그러나 '연구개발을 성실하게 수행한 사실이 인정되는 경우'에는 참여제한 기간 및 사업비 환수액을 감면할 수 있다는 단서 조항이 있습니다. 본 판례에서 피고는 이 규정을 근거로 처분을 내렸으나, 법원은 제1과제의 경우 피고가 연구 목표 변경을 간과한 채 잘못된 평가 기준을 적용하여 '극히 불량한 연구 결과'라는 처분 사유가 존재하지 않는다고 보았고, 제2과제의 경우 원고 B의 연구 지연이 외부 요인에 의한 것이므로 '성실 수행 사실'이 인정되어 처분 감면 사유에 해당한다고 판단하여 피고의 처분이 위법하다고 보았습니다.
국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제16조 제1항 및 제17조 제1항 제2호, 제4항 (중간평가 및 연구개발 중단·실패 결정): 이 규정은 중앙행정기관의 장이 연구개발 성과의 활용 계획 및 실적에 대한 중간평가 및 최종평가를 실시하고, 평가 결과 만점의 60퍼센트 미만에 해당하면 연구개발을 중단시키거나 '극히 불량'하다고 판단되면 실패한 연구개발과제로 결정할 수 있도록 합니다. 본 판례에서는 제1과제의 경우, 법원이 피고가 연구 목표 변경을 간과한 채 잘못된 평가 기준을 적용하여 '극히 불량'하다고 판단했으므로, 이 규정 적용에 있어 위법성이 있다고 보았습니다.
국가연구개발사업 관리규정 제27조 및 제27조의2 (참여제한 기간 및 사업비 환수 기준, 성실 수행 감면 기준): 이 규정은 구체적인 참여제한 기간(3년)과 사업비 환수 기준('해당 연도 출연금 전액 이내')을 정하고, '당초 목표를 도전적으로 설정하여 목표를 달성하지 못한 경우', '환경 변화 등 외부 요인에 따라 목표를 달성하지 못한 경우', '연구수행 방법 및 과정이 체계적이고 충실하게 수행된 경우' 등 성실 수행이 인정되면 참여제한 기간을 단축하거나 면제하고, 사업비 환수액도 감면할 수 있도록 합니다. 본 판례에서는 제2과제와 관련하여 원고 B의 연구 지연이 외부 요인에 의한 것으로 성실 수행이 인정되므로 참여제한 3년 처분은 재량권 남용에 해당한다고 보았고, 원고 회사에 대한 사업비 전액 환수도 성실 수행이 인정되므로 재량권 남용에 해당한다고 판단했습니다.
국토교통 연구개발사업 관리지침 제23조 및 국토교통부소관 연구개발사업 운영규정 제27조 제1항 (협약 변경 절차): 이 규정들은 연구기관이 연구 목표 등 협약 내용을 변경하고자 할 때 주관연구기관을 통해 전문기관의 장에게 협약 변경을 신청하고 승인을 받아야 함을 명시합니다. 본 판례에서는 1차년도 협약이 총 연구개발기간 전체에 대한 약정으로 보아야 하므로, 연차별 연구 목표 변경 시에도 이 절차를 거쳐야 한다고 판단했지만, 실제로는 F이 연차실적계획서 변경을 알고도 승인한 것으로 보아 협약 변경이 이루어졌다고 판단했습니다.
연구 목표 및 예산 변경 시에는 관련 규정에 따른 정식 협약 변경 절차를 반드시 거치고, 명확한 승인 문서를 남기는 것이 중요합니다. 매년 체결되는 연차별 협약의 내용이 총 연구개발기간에 걸친 전체 사업 목표와 일치하는지, 혹은 변경된 부분이 있다면 그 변경 사항이 명확히 반영되고 공식적으로 승인되었는지 꼼꼼히 확인해야 합니다. 중간 평가나 현장 실사 시에는 연구 추진 실적에 대한 세부 증빙 자료를 충분히 준비하고, 평가 위원들의 지적이 발생하면 추가 자료 제출 등 적극적인 소명을 통해 오해를 해소해야 합니다. 연구비 집행이 저조할 경우, 그 원인이 사업 목표 변경, 연구 기간 축소 등 외부적 요인에 의한 것임을 객관적으로 입증할 수 있는 자료를 확보해야 합니다. 과다한 연구비 책정 문제가 발생하지 않도록 초기 예산 계획 단계부터 신중해야 합니다. 연구 목표 달성이 지연되거나 일부 미흡한 결과가 나오더라도, 연구 과정에서 성실하게 노력했음을 입증할 수 있는 자료(회의록, 보고서, 내부 검토 자료 등)를 체계적으로 관리해야 합니다. 특히 외부 요인으로 인한 지연 사유를 명확히 기록하는 것이 중요합니다. 연구기관과 연구책임자에 대한 평가 기준이 다르게 적용될 수 있으므로, 각자의 역할과 책임 범위 내에서 성실하게 업무를 수행했음을 입증할 자료를 준비해야 합니다.
