인천공항공사의 법인세 및 부가가치세 부과처분 취소 청구 사건

인천국제공항공사가 세무서로부터 받은 법인세 및 부가가치세 부과처분에 대해 취소를 청구한 사건입니다. 주요 쟁점은 공항 민영화 관련 용역비의 부당행위계산 부인 및 사업 관련성, 특정 매장 임대료 차액의 접대비 해당 여부, 그리고 공유수면 매립비용에 대한 부가가치세 과세 대상 여부, 중복 세무조사, 이중과세 여부였습니다. 법원은 용역비와 임대료 차액에 대한 과세 처분은 위법하다고 보았으나, 공유수면 매립비용에 대한 부가가치세 부과는 적법하다고 판단하여 양측의 항소를 모두 기각했습니다.

관련 당사자

• 인천국제공항공사: 인천국제공항을 건설 및 운영하는 공기업으로, 세금 부과처분 취소를 청구한 원고입니다.
• 인천세무서장: 인천국제공항공사에 법인세 및 부가가치세를 부과한 피고입니다.

분쟁 상황

인천국제공항공사는 인천세무서장이 2013년 8월 1일 부과한 법인세 및 부가가치세에 대해 불복하여 과세처분 취소 소송을 제기했습니다. 해당 부과처분은 인천공항공사의 공항 민영화 관련 용역비, 특정 명품 매장 임대료 차액, 그리고 공유수면 매립 비용에 대한 부가가치세 등 여러 쟁점을 포함하고 있었습니다. 공사는 이들 비용이 과세 대상이 아니거나 부당하게 부과되었다고 주장하며 처분 취소를 구했습니다.

핵심 쟁점

1. 인천국제공항공사가 지출한 공항 민영화 관련 용역비가 특수관계자 간의 부당행위계산 부인 대상이 되는지, 또는 사업과 직접적인 관련이 없어 부가가치세 매입세액 공제가 안 되는 지출인지 여부입니다.
2. 특정 브랜드 매장의 임대료 감액이 법인세법상 접대비에 해당하는지 여부입니다.
3. 공유수면 매립공사가 부가가치세 과세 대상인 용역의 공급에 해당하는지, 아니면 자가공급 또는 무상공급으로 볼 수 있는지 여부입니다.
4. 해당 매립공사에 대한 세무조사가 중복 세무조사 금지 원칙에 위배되는지 여부입니다.
5. 해당 매립공사 비용에 대한 과세가 이중과세에 해당하는지 여부입니다.

법원의 판단

법원은 각 쟁점에 대해 다음과 같이 판단했습니다.

1. 공항 민영화 관련 용역비: 인천세무서장이 부과한 법인세 및 부가가치세 부과처분은 위법하다고 판단하여 취소해야 한다고 판결했습니다. 용역의 주된 목적이 인천국제공항공사의 경영 진단, 구조 개선 및 경쟁력 강화에 있었으므로 부당행위계산 부인 대상이 아니며 사업 관련성도 인정된다고 보았습니다.
2. C 매장 관련 임대료 차액: 인천세무서장이 부과한 법인세 부과처분은 위법하다고 판단하여 취소해야 한다고 판결했습니다. 임대료 차액은 특정 브랜드 입점에 따른 매출 증대 및 공항 가치 상승을 기대하여 발생한 경영 판단의 결과이며 접대비로 볼 수 없다고 판단했습니다.
3. 공유수면 매립비용 관련 부가가치세: 인천세무서장의 부가가치세 부과처분은 적법하다고 판단하여 원고의 주장을 기각했습니다. 매립공사는 국가에 대한 용역 제공으로 매립지 소유권 취득과 경제적·실질적 대가관계가 인정되므로 과세 대상인 용역의 공급에 해당한다고 보았습니다. 이전 세무조사의 오류를 바로잡은 경정 처분일 뿐 중복 세무조사에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 이전 과세표준에서 누락된 부분에 대한 과세이므로 이중과세에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 최종적으로 제1심 판결과 같이 원고의 일부 청구(용역비, 임대료 차액 관련)는 인용하고, 나머지 청구(공유수면 매립비용 관련)는 기각하여 원고와 피고의 각 항소를 모두 기각했습니다.

결론

인천국제공항공사가 청구한 법인세 및 부가가치세 부과처분 취소 소송에서 법원은 공항 민영화 관련 용역비와 특정 매장 임대료 차액에 대한 과세 처분은 위법하다고 판단하여 취소했지만, 공유수면 매립비용에 대한 부가가치세 부과는 적법하다고 보아 양측의 항소를 모두 기각하며 1심 판결과 동일한 결론을 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

1. 구 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인)​: 법인이 특수관계자와의 거래로 인해 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우 과세관청이 법인의 소득금액을 다시 계산할 수 있다는 조항입니다. 이 사건에서는 용역비 지출이 인천공항공사의 경영 진단과 경쟁력 강화라는 목적을 고려할 때 경제적 합리성이 인정되어 부당행위계산 부인 대상으로 보지 않았습니다.
2. 구 법인세법 제25조(접대비의 손금불산입)​: 접대비는 기업활동의 원활화를 위한 경비이지만 법정 한도를 초과하거나 목적이 접대, 향응 등에 있는 경우 손금으로 인정되지 않을 수 있습니다. 이 사건에서는 특정 매장의 임대료 감액이 매출 증대 및 공항 브랜드 가치 상승을 위한 경영 판단으로 보아 접대비가 아니라고 판단되었습니다.
3. 구 부가가치세법 제17조(매입세액)​: 사업과 직접 관련 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않습니다. 공항 민영화 관련 용역비가 공사의 사업과 직접적인 관련성이 있는지가 쟁점이었으며 법원은 관련성이 있다고 보았습니다.
4. 구 부가가치세법 제13조(과세표준) 및 시행령 제48조(용역의 공급의 범위)​: 공유수면 매립법에 따라 매립용역을 제공하는 경우 총 사업비를 과세표준으로 합니다. 법원은 매립사업자가 국가로부터 매립면허를 받아 공사를 시행하고 매립지 소유권을 취득하는 것을 국가에 대한 용역 제공의 대가로 보아 부가가치세 과세 대상인 용역의 공급으로 판단했습니다. 경제적·실질적 대가관계가 인정되면 용역의 자가공급이나 무상공급이 아니라는 법리가 적용되었습니다.
5. 구 국세기본법 제16조(근거과세) 및 재조사 금지 원칙: 세금 부과 처분은 납세자의 장부나 증거 자료에 근거하여 이루어져야 한다는 원칙입니다. 또한 재조사 금지 원칙은 정당한 사유 없이 동일한 과세기간 및 세목에 대해 반복적인 세무조사를 금지하는 원칙입니다. 이 사건에서는 이전 과세처분의 오류를 바로잡는 경정 처분은 재조사 금지 원칙에 위배되지 않는다고 판단했습니다.
6. 구 수도권신공항건설 촉진법 및 인천국제공항공사법: 인천국제공항공사의 사업 특성과 매립지 귀속에 관한 특별 규정들이 이 사건에 적용되었습니다. 특히 원고가 조달한 차입금에 상당하는 토지와 시설은 준공과 동시에 공사에 귀속된다는 규정이 매립지 취득의 법적 성격을 판단하는 데 중요한 근거가 되었습니다.

참고 사항

1. 용역비 지출 시: 경영 개선이나 경쟁력 강화 등 사업 자체의 목적이 분명하고 경제적 합리성이 인정되는 용역비는 부당행위계산 부인이나 사업 무관 지출로 보지 않을 수 있습니다. 용역의 주된 목적과 내용, 그로 인해 기대되는 사업적 이익을 명확히 증명할 자료를 준비해야 합니다.
2. 임대료 등 거래 조건 조정 시: 기업의 매출 증대나 브랜드 가치 상승 등 사업적 이익을 기대하고 특정 거래 조건을 조정했다면 이를 단순히 접대비나 친목 도모를 위한 지출로 보지 않을 수 있습니다. 조정의 합리적인 이유와 기대 효과를 객관적인 보고서나 컨설팅 자료 등으로 증명하는 것이 중요합니다.
3. 공공사업 관련 용역 제공 시: 국가나 공공기관을 위해 공유수면 매립과 같은 공공사업 용역을 제공하고 그 대가로 토지 소유권을 취득하는 경우 이는 부가가치세 과세 대상인 용역의 공급으로 간주될 수 있습니다. 용역 제공과 토지 취득 사이에 경제적·실질적 대가관계가 인정된다면 부가가치세가 부과될 수 있음을 유의해야 합니다.
4. 세금 부과처분 경정 시: 과세관청이 기존 과세처분의 오류나 누락을 발견하여 이를 바로잡는 경정 처분은 중복 세무조사 금지 원칙에 해당하지 않을 수 있습니다. 다만 세무조사의 실질적인 목적과 행위가 기존 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것인지 여부에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.
5. 과세 단위 명확화: 여러 사업 분야나 공구에 걸쳐 공통 비용이 발생할 경우 각 과세 단위에 배분된 비용 내역을 명확히 관리하고 신고해야 이중과세나 과세 누락 문제를 방지할 수 있습니다. 특히 복잡한 공사의 경우 각 단계별 비용과 귀속 시기를 정확히 기록하는 것이 중요합니다.