재단법인의 주식 저가 매각에 따른 법인세 부과처분 취소 판결

재단법인인 원고가 보유하던 의약품 도매업체 'AA약품'의 비상장주식 75%를 개인들에게 양도한 사건입니다. 세무서장은 이 주식 양도 가격이 정상가액보다 낮고 정당한 사유 없이 이루어졌다고 보아, 그 차액을 '비지정기부금'으로 간주하여 원고에게 4억 1천만 원이 넘는 법인세를 부과했습니다. 원고는 이에 불복하여 소송을 제기했으며, 1심에서는 패소했으나 항소심 법원은 원고의 주식 양도에 '정당한 사유'가 있었다고 판단하여 법인세 부과처분을 취소했습니다.

관련 당사자

• 재단법인 ○○○○○ (원고, AA약품의 주식을 양도한 재단법인)
• ○○세무서장 (피고, 원고에게 법인세를 부과한 세무 당국)
• 주식회사 AA약품 (원고가 주식을 양도한 회사로, OO대학병원에 의약품을 납품하던 도매업체)
• 김GG 등 (AA약품의 주식 75%를 원고로부터 양수한 개인들)
• 주식회사 지OO, 주식회사 BBBB (AA약품 주식 인수를 제안받았으나 인수를 포기한 회사들)

분쟁 상황

재단법인 ○○○○○은 자신이 소유하고 있던 주식회사 AA약품의 주식 75%를 개인 김GG 등에게 매각했습니다. ○○세무서장은 이 주식 매각 가격이 시장 가치보다 현저히 낮았고, 재단법인이 이러한 저가 양도를 할 만한 정당한 이유가 없었다고 판단했습니다. 이에 세무서장은 낮은 가격으로 양도된 차액을 재단법인이 김GG 등에게 '비지정기부금' 형태로 증여한 것으로 보아, 해당 금액에 대해 약 4억 1천만 원의 법인세를 부과했습니다. 재단법인은 이 과세처분이 부당하다며 소송을 제기했고, 주식 매각 당시 불가피한 여러 사정으로 인해 매각 가격이 결정되었으므로 정당한 사유가 있다고 주장하며 맞섰습니다.

핵심 쟁점

재단법인이 비상장주식을 양도할 때 매매가격이 법에서 정한 '정상가액'보다 낮았는지 여부와, 만약 낮았다면 '정당한 사유'가 존재했는지 여부가 쟁점이 되었습니다. 특히, 정당한 사유가 없다고 판단될 경우 그 차액을 '비지정기부금'으로 보아 법인세가 부과될 수 있는지에 대한 판단이 중요했습니다.

법원의 판단

항소심 법원은 1심 판결을 취소하고, 피고(○○세무서장)가 원고(재단법인 ○○○○○)에게 2013년 9월 2일 부과한 2010 사업연도 법인세 411,569,598원(가산세 포함)의 부과처분을 취소했습니다. 소송 총비용은 피고가 부담하도록 했습니다.

결론

항소심 법원은 원고가 AA약품 주식을 양도한 가격이 객관적인 교환가치를 적정하게 반영했다고 보기는 어렵지만, 해당 가격으로 주식을 양도할 만한 '정당한 사유'가 있었다고 판단했습니다. 그 근거는 다음과 같습니다.

1. 약사법 개정 논의와 영업 불확실성: 2010년 주식 양도 당시, 약사법이 개정될 예정(2011년 개정, 2012년 시행)이어서 AA약품의 주요 매출처인 OO대학병원(총 매출의 약 90%)에 더 이상 의약품을 납품할 수 없게 될 것으로 예상되었습니다. 2008년부터 관련 규제 논의가 있었고, 대형 병원들의 납품업체 변경 추세도 있어 원고는 주식의 조속한 양도가 필요하다고 보았습니다.
2. 인수 희망자의 계약 포기: 원고는 지OO이나 BBBB에게 순자산가치만을 기준으로 주식 인수를 제안했으나, OO대학병원이 요구하는 높은 거래보증금(400억 원 이상)과 1년 단위 계약 연장 조건 때문에 두 회사 모두 인수를 포기하거나 계약을 해지했습니다. 이는 원고가 AA약품의 지속적인 납품을 보장할 수 없는 한 주식을 순자산가치 이상으로 양도하기 어려웠음을 보여줍니다.
3. 전문가 감정평가 및 이사회 결의: 원고는 AA약품의 영업권이 양도되지 않는다는 전제하에 2개의 회계법인에 순자산가치 평가를 의뢰했고, 그 결과(각 30억 원, 33.8억 원)에 따라 주식 양도가액을 산정했습니다. 이 가격은 이전에 지OO이나 BBBB에게 제시했던 25억 원보다 높은 금액이었습니다. 또한, 원고의 이사회는 관련 내용에 대한 상세한 설명을 들은 후 매각을 결의했으며, 이사회 의사록에 논의 내용이 자세히 기재되지 않았다는 이유만으로 논의가 없었다고 볼 수 없다고 판단했습니다.
4. 감독청의 처분 허가: 서울특별시 교육감은 원고가 제출한 감정평가서를 바탕으로 주식 양도에 관한 기본재산 처분 허가를 내주었습니다. 이는 교육감 또한 양도가액의 적정성을 인정한 것으로 볼 수 있다고 판단했습니다.

이러한 사정들을 종합할 때, 이 사건 주식을 해당 양도가액에 양도한 것이 '합리적인 경제인의 관점에서 비정상적이었다고 볼 수 없는 객관적인 사유'에 해당하므로, '정당한 사유'가 없다고 단정할 수 없다고 보아 법인세 부과처분은 위법하다고 결론 내렸습니다.

연관 법령 및 법리

이번 판결과 관련된 주요 법령과 법리는 다음과 같습니다.

• 구 법인세법 제24조 제1항 (기부금의 손금불산입)​ 내국법인이 지출한 기부금 중 '지정기부금' 외의 기부금(이를 '비지정기부금'이라고 합니다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 비용(손금)으로 인정되지 않습니다. 즉, 비지정기부금은 법인의 소득에서 제외되지 않아 과세 대상 소득이 늘어나게 됩니다.

• 구 법인세법 시행령 제35조 제2호 (비지정기부금의 범위)​ 법인이 '특수관계인 외의 자'에게 '정당한 사유 없이' 자산을 '정상가액보다 낮은 가액'으로 양도하거나 '정상가액보다 높은 가액'으로 매입함으로써 발생한 차액 중, 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액은 비지정기부금으로 간주됩니다. 여기서 '정상가액'은 '시가'에 30%를 더하거나 뺀 범위 안의 가액으로 합니다.

• 구 법인세법 제52조 제2항 (시가(時價)의 정의)​ '시가'는 '건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격'을 의미합니다. 이는 일반적이고 정상적인 거래에 의해 형성된 객관적인 교환가치를 말합니다. 비상장주식의 경우에도 객관적인 교환가치를 적절히 반영한 매매 실례가 있다면 그 가격이 시가로 인정될 수 있습니다.

• 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호 (시가 불분명 시 평가 방법)​ 시가가 불분명한 경우, 비상장주식 등은 '구 상속세 및 증여세법'의 보충적 평가 방법에 따라 시가를 산정하게 됩니다. 비상장주식에 대한 감정평가법인의 감정가액은 일반적으로 특별한 사정이 없는 한 법인세법상 시가로 인정되지 않습니다.

• '정당한 사유'의 법리 (대법원 2013두5081 판결 취지 참조)​ 법인이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도했더라도 '정당한 사유'가 있다면 그 차액을 비지정기부금으로 보지 않습니다. '정당한 사유'는 거래 당사자들이 해당 거래 가격을 객관적 교환가치가 적절히 반영된 정상적인 가격으로 믿을 만한 합리적인 사유가 있었던 경우나, 해당 가격으로 재산을 양도하는 것이 합리적인 경제인의 관점에서 비정상적이지 않다고 볼 객관적인 사유가 있었던 경우를 말합니다.

• 과세처분 적법성 증명 책임 (대법원 2011두22075 판결 참조)​ 과세처분의 취소를 구하는 행정소송에서, 과세처분의 적법성과 과세요건 사실의 존재에 대한 증명 책임은 원칙적으로 과세관청(세무서장)에 있습니다. 따라서 '정당한 사유가 없다'는 점에 대한 증명 책임 또한 과세관청이 부담합니다.

참고 사항

비슷한 상황에 처했을 때 다음 사항들을 참고할 수 있습니다.

• 비상장주식 가치 평가의 신중함: 비상장주식은 매매 실례가 많지 않아 객관적인 시장 가격을 정하기 어려울 수 있습니다. 이 경우 세법에서 정한 보충적 평가 방법(예: 상속세 및 증여세법에 따른 평가 방법)을 적용받을 수 있으므로, 전문가의 도움을 받아 주식 가치를 정확하게 평가해야 합니다.
• '정당한 사유'의 객관적 입증: 자산을 정상 가격보다 낮게 양도할 수밖에 없었던 상황이 있었다면, 이를 객관적으로 입증할 수 있는 자료를 충분히 준비해야 합니다. 단순히 주관적인 판단이 아니라, 시장 상황, 규제 변화, 거래 협상 과정, 외부 전문가의 평가 등 합리적인 경제인의 관점에서 비정상적이지 않았음을 보여줄 수 있는 증거들이 중요합니다.
• 미래 사업 환경 변화에 대한 예측 및 기록: 법규 개정이나 시장 변화 등으로 인해 사업에 중대한 영향을 미칠 수 있는 상황을 미리 예측하고, 이에 대한 분석과 대응 방안을 문서로 명확히 남겨두는 것이 좋습니다. 이러한 기록은 나중에 자산 처분의 정당성을 주장할 때 강력한 증거가 될 수 있습니다.
• 전문가 감정 및 감독기관 승인의 활용: 회계법인 등 공신력 있는 기관의 감정평가 결과를 확보하고, 공익법인과 같이 감독기관의 승인이 필요한 경우에는 해당 승인 과정을 투명하게 진행하여 공식적인 인정을 받는 것이 좋습니다. 이는 거래의 합리성을 뒷받침하는 중요한 근거가 됩니다.
• 의사 결정 과정의 상세한 기록: 이사회 의사록 등 내부 의사 결정 과정에서 주식 양도의 목적, 가액 산정 방법, 예상되는 위험과 기회 요소, 여러 대안에 대한 검토 내용 등을 상세하게 기록하는 것이 중요합니다. 이는 나중에 과세 당국이 거래의 적정성을 문제 삼을 때, 의사 결정의 합리성을 증명하는 데 도움이 됩니다.