세금 · 행정
A교회가 청소년수련시설 건축을 목적으로 임야를 취득하며 취득세 등을 면제받았으나, 피고인 부산광역시 금정구청장이 해당 임야 중 일부가 취득일로부터 3년 이내에 고유 목적에 직접 사용되지 않고 방치되었다는 이유로 취득세 등 1억 7천만 원 상당을 부과했습니다. A교회는 해당 임야가 수련시설의 부속 용도로 사용될 예정이었으며, 건축 불허가 소송 등으로 사용이 지연된 정당한 사유가 있다고 주장하며 부과처분 취소 소송을 제기했습니다. 그러나 법원은 A교회의 주장을 받아들이지 않고 피고의 부과처분이 적법하다고 판단하여 A교회의 청구를 기각했습니다.
A교회는 2010년 10월 13일 부산 금정구 D 임야 28,445㎡를 교회 집회 장소 및 부속건물 건축용으로 취득하며 취득세 등을 면제받았습니다. 이후 2010년 6월 15일 청소년수련시설 건축허가를 신청했으나 불허가처분을 받았고, 소송을 통해 2012년 7월 26일 대법원에서 최종 승소하여 2017년 3월 28일 수련시설을 완공했습니다. 피고 금정구청장은 2017년 10월 17일 현장 조사 결과, A교회가 취득한 토지 중 수련시설 부지 3,505㎡를 제외한 나머지 임야 24,940㎡(이 사건 부과대상 임야)가 취득일로부터 3년이 경과하도록 종교 용도에 직접 사용되지 않고 임야로 방치되어 있음을 확인했습니다. 이에 피고는 2017년 11월 10일 A교회에 취득세 156,601,470원, 농어촌특별세 7,461,900원, 지방교육세 15,484,680원(가산세 포함)을 부과했습니다. A교회는 이 부과처분이 부당하다며 취소 소송을 제기했습니다.
비영리 단체가 감면받은 부동산을 '그 사업에 직접 사용'했다고 볼 수 있는지, 법정 기간 내 사용하지 못한 '정당한 사유'가 있었는지, 그리고 가산세 기산일의 적법성 여부가 이 사건의 주요 쟁점입니다.
법원은 원고 A교회의 청구를 기각하며, 피고 부산광역시 금정구청장이 A교회에 부과한 취득세, 농어촌특별세, 지방교육세 부과처분이 모두 적법하다고 판결했습니다. 소송비용은 원고가 부담하도록 했습니다.
법원은 이 사건 부과대상 임야가 자연림 상태로 수련시설과 명확히 구분되며 접근이 어려워 A교회의 종교사업에 현실적으로 '직접 사용'되었다고 볼 수 없다고 판단했습니다. 또한, 건축허가 소송 지연은 수련시설 부지와 관련된 것이고, 부과대상 임야는 애초에 경사도 등 제약이 있었으며, 자금 부족 등 내부 사정은 '3년 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유'로 인정하기 어렵다고 보았습니다. 따라서 A교회의 주장을 모두 받아들이지 않고 피고의 과세 처분이 정당하다고 결론 내렸습니다.
이 사건에는 구 지방세법 제107조 제1항 및 제127조 제1항 제1호가 적용되었습니다. 이 법 조항들은 제사, 종교 등 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 해당 사업에 사용하기 위한 부동산 취득 및 등기에 대해 취득세와 등록세를 부과하지 않는다고 규정하고 있습니다. 하지만 법원은 여기서 '그 사업에 사용'한다는 것은 현실적으로 해당 부동산의 사용 용도가 비영리사업 자체에 '직접 사용'되는 것을 뜻하며, 그 범위는 비영리사업자의 사업 목적과 취득 목적을 고려하여 실제 사용 관계를 기준으로 객관적으로 판단해야 한다고 보았습니다. 특히 조세 감면 요건은 특혜 규정이므로 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에 부합한다고 강조했습니다. 또한, 구 지방세법 제107조 제1항 단서에 따라 부동산을 취득일로부터 3년 이내에 고유 목적에 직접 사용하지 않거나, 다른 용도로 사용하는 경우 면제된 취득세 등을 추징하게 됩니다. 이때 '정당한 사유'는 법령에 의한 금지나 제한 같은 외부적인 사유는 물론, 고유 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다했음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부 사유도 포함될 수 있으나, 판단 시에는 비영리 단체의 공익성, 준비 기간, 법적/사실적 장애 사유 및 정도, 단체의 노력 여부 등을 종합적으로 고려해야 한다고 판시했습니다. 이 사건에서 법원은 이 사건 부과대상 임야가 자연림 상태로 수련시설과 명백히 구분되고 접근이 불가능했으며, 취득 후 7년이 경과하도록 실제 고유 목적 관련 시설이 설치되지 않았으므로 '직접 사용'으로 볼 수 없다고 판단했습니다. 또한, 원고의 건축허가 관련 소송 지연은 수련시설 건축 부지와 관련된 것이지 이 사건 부과대상 임야와는 직접 관련이 없고, 임야의 경사도 등 특성은 취득 당시부터 예상 가능했으며, 자금 사정 등 내부적 사유는 '정당한 사유'로 인정하기 어렵다고 보아 원고의 주장을 배척했습니다.
비영리 단체가 조세 감면 혜택을 받은 부동산의 경우, 해당 부동산이 고유 목적에 '직접' 그리고 '현실적으로' 사용되고 있음을 명확히 입증할 수 있도록 관련 자료를 철저히 준비해야 합니다. 단순한 장래의 건축 계획이나 부속 시설 예정만으로는 직접 사용으로 인정받기 어려울 수 있습니다. 부동산 취득 시에는 해당 토지의 물리적 특성, 용도 지역, 건폐율 제한 등을 면밀히 검토하여 고유 목적에 직접 사용이 현실적으로 가능한지 사전에 파악해야 합니다. 나중에 활용이 어렵다고 주장해도 받아들여지지 않을 수 있습니다. 행정기관과의 소송 등으로 고유 목적 사용이 지연되는 경우, 해당 지연 사유가 감면 대상 부동산의 고유 목적 사용과 직접적인 관련성이 있어야만 '정당한 사유'로 인정받을 가능성이 높습니다. 자금 부족 등 내부적인 사유는 '3년 내 직접 사용'이라는 기간 제한을 넘긴 것에 대한 정당한 사유로 인정되기 어려우므로, 장기간 미사용 시에는 과세될 수 있음을 항상 염두에 두어야 합니다.
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